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万見
- PDB-4oza: Backbone Modifications in the Protein GB1 Helix: beta-3-Ala24, be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oza
タイトルBackbone Modifications in the Protein GB1 Helix: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Gln32, beta-3-Asp36
要素Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Gln32, beta-3-Asp36レンサ球菌
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / unnatural backbone
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Reinert, Z.E. / Horne, W.S.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2014
タイトル: Folding Thermodynamics of Protein-Like Oligomers with Heterogeneous Backbones.
著者: Reinert, Z.E. / Horne, W.S.
履歴
登録2014年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Gln32, beta-3-Asp36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2992
ポリマ－6,2391
非ポリマー601
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area3620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.944, 65.944, 21.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Gln32, beta-3-Asp36 / レンサ球菌


分子量: 6238.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptococcus sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P19909*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 30% v/v isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月30日
放射モノクロメーター: Rigaku VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→23.31 Å / Num. obs: 2418 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.46 % / Biso Wilson estimate: 23.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 13303 / Scaling rejects: 100
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
2.2-2.285.420.2963.212952390.56098.8
2.28-2.375.360.2583.312862390.54697.2
2.37-2.485.420.2064.812792360.64095.9
2.48-2.615.580.2144.712792290.66297.4
2.61-2.775.290.1745.713312510.67496.5
2.77-2.995.610.1557.313262360.86395.2
2.99-3.295.590.1469.413762451.04798.8
3.29-3.765.040.09716.911872321.441891.7
3.76-4.735.190.08322.212892431.462794.2
4.73-23.316.050.07229.216552681.5733100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CrystalClear位相決定
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QMT

2qmt


解像度: 2.201→23.315 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 32.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 104 4.31 %
Rwork0.2334 2307 -
obs0.2345 2411 96.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.24 Å2 / Biso mean: 38.0906 Å2 / Biso min: 28.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.201→23.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数440 0 8 37 485
Biso mean--41.89 42.25 -
残基数----57
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.139620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08973
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.327140
LS精密化 シェル最高解像度: 2.201 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 104 -
Rwork0.2334 2307 -
all-2411 -
obs--96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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