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万見
- PDB-4oa7: Crystal structure of Tankyrase1 in complex with IWR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oa7
タイトルCrystal structure of Tankyrase1 in complex with IWR1
要素Tankyrase-1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Tankyrase / inhibitor (酵素阻害剤) / IWR1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / 中心体マトリックス ...negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / 中心体マトリックス / mitotic spindle pole / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / spindle assembly / mRNA transport / 核膜孔 / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-threonine phosphorylation / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / 核膜 / chromosome, telomeric region / nuclear body / Ub-specific processing proteases / 細胞分裂 / ゴルジ体 / ゴルジ体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2XS / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Zhang, X. / He, H.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2015
タイトル: Disruption of Wnt/ beta-Catenin Signaling and Telomeric Shortening Are Inextricable Consequences of Tankyrase Inhibition in Human Cells.
著者: Kulak, O. / Chen, H. / Holohan, B. / Wu, X. / He, H. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Yamaguchi, K. / Garofalo, L.A. / Ma, Z. / Wright, W. / Chen, C. / Shay, J.W. / Zhang, X. / Lum, L.
履歴
登録2014年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-1
B: Tankyrase-1
C: Tankyrase-1
D: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,04712
ポリマ－98,1484
非ポリマー1,8998
水6,341352
1
A: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0123
ポリマ－24,5371
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0123
ポリマ－24,5371
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0123
ポリマ－24,5371
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0123
ポリマ－24,5371
非ポリマー4752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.936, 107.936, 121.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1564-

HOH

21C-1546-

HOH

31D-1566-

HOH

41D-1575-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Tankyrase-1 / / TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / ...TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / TNKS-1 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase / Tankyrase I


分子量: 24536.877 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain, UNP residues 1105-1313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS, PARP5A, PARPL, TIN1, TINF1, TNKS1 / プラスミド: a modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-2XS / 4-[(3aR,4R,7S,7aS)-1,3-dioxo-1,3,3a,4,7,7a-hexahydro-2H-4,7-methanoisoindol-2-yl]-N-(quinolin-8-yl)benzamide


分子量: 409.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H19N3O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2 and 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 35730 / Num. obs: 35614 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RF5

2rf5


解像度: 2.301→40.408 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 32.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2831 1718 4.96 %RANDOM
Rwork0.2254 ---
obs0.2283 34661 97.04 %-
all-34686 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→40.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6568 0 128 352 7048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7689246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6642596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3012-2.36890.34351130.28472105X-RAY DIFFRACTION75
2.3689-2.44530.3691430.26062582X-RAY DIFFRACTION92
2.4453-2.53270.30821390.25552809X-RAY DIFFRACTION100
2.5327-2.63410.33111540.24932828X-RAY DIFFRACTION100
2.6341-2.75390.32691500.25792804X-RAY DIFFRACTION100
2.7539-2.89910.39051500.26682815X-RAY DIFFRACTION100
2.8991-3.08070.3141230.24272846X-RAY DIFFRACTION100
3.0807-3.31840.29941430.23622817X-RAY DIFFRACTION100
3.3184-3.65220.28761460.21322833X-RAY DIFFRACTION100
3.6522-4.18020.24611550.19672824X-RAY DIFFRACTION100
4.1802-5.26480.2181650.18572817X-RAY DIFFRACTION100
5.2648-40.41440.25141370.22032863X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30320.7897-0.27713.4636-0.84050.6603-0.03530.0282-0.1615-0.10750.02850.00910.11830.07260.00640.27610.11070.00060.378-0.01560.281257.318478.2915-0.3709
22.22620.26820.89113.60250.31790.7566-0.02180.16560.2366-0.10970.05310.0229-0.10790.0093-0.02730.25480.10240.03520.43720.02240.350923.613761.8691-0.0678
31.4087-0.631-0.34212.70660.63050.57560.0538-0.1343-0.04860.2884-0.0896-0.03240.1452-0.11680.03580.2965-0.113-0.01350.45970.05530.4071-3.344278.212344.042
40.9409-0.48830.24722.373-0.2130.5823-0.01-0.0095-0.0006-0.01430.04130.0157-0.15580.0892-0.04350.3062-0.1076-0.0170.43860.01810.446130.373761.916444.0263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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