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- PDB-4o7l: SAICAR synthetase (Type-2) in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o7l
タイトルSAICAR synthetase (Type-2) in complex with ADP
要素Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / SAICAR synthetase-like fold / ATP Binding (アデノシン三リン酸) / CAIR binding / Aspartate binding (アスパラギン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼ / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / cobalamin biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial and archaeal 5-aminoimidazole-4-(N-succinylcarboxamide) ribonucleotide synthase / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / ホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼ / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Bacterial and archaeal 5-aminoimidazole-4-(N-succinylcarboxamide) ribonucleotide synthase / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / ホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼ / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Manjunath, K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: SAICAR synthetase (Type-2) in complex with ADP
著者: Manjunath, K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K.
履歴
登録2013年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1816
ポリマ－27,4801
非ポリマー7005
水1,58588
1
A: Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
ヘテロ分子

A: Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,36112
ポリマ－54,9602
非ポリマー1,40110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area4910 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.040, 153.780, 78.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-453-

HOH

21A-460-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase


分子量: 27480.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0239, purC / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: O57978, ホスホリボシルアミノイミダゾールスクシノカルボキサミドシンターゼ

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非ポリマー , 5種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 % / Mosaicity: 0.9 °
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch underoil / pH: 4.6
詳細: 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG monomethyl ether 2000, pH 4.6, Microbatch Underoil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月26日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 7 / 数: 95010 / Rsym value: 0.095 / D res high: 1.881 Å / D res low: 76.89 Å / Num. obs: 15680 / % possible obs: 96.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
2.092.281.610.4970.4975.6
2.22.339810.3640.3646
2.332.4998.210.2840.2846.1
2.492.6998.510.2110.2116.2
2.692.9599.210.1330.1336.2
2.953.399.310.0960.0966.2
3.33.8199.610.0640.0646.2
3.814.6699.710.0530.0536.1
4.666.5999.810.050.056
6.5954.8499.710.0320.0325.5
反射解像度: 2.09→54.84 Å / Num. obs: 15680 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 10732 / % possible all: 81.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å54.84 Å
Translation2.5 Å54.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U55

3u55


解像度: 2.1→54.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2276 / WRfactor Rwork: 0.1855 / FOM work R set: 0.8401 / SU B: 5.05 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.2313 / SU Rfree: 0.1915 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24394 828 5.3 %RANDOM
Rwork0.20113 ---
obs0.2034 14846 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.3 Å2 / Biso mean: 28.053 Å2 / Biso min: 9.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0 Å20 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→54.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1834 0 42 88 1964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4592.0112600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.425235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60324.63482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6615356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.327158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 56 -
Rwork0.251 992 -
obs--91.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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