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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o33 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human PGK1 3PG and terazosin(TZN) ternary complex | ||||||
要素 | Phosphoglycerate kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE ACTIVATOR / ENZYME-DRUG COMPLEX / TRANSFERASE-TRANSFERASE ACTIVITOR complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE ACTIVATOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / 糖新生 / canonical glycolysis / 解糖系 / plasminogen activation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis ...Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / 糖新生 / canonical glycolysis / 解糖系 / plasminogen activation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / 糖新生 / ADP binding / glycolytic process / cellular response to hypoxia / 脂質ラフト / リン酸化 / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Li, X.L. / Finci, L.I. / Wang, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015 タイトル: Terazosin activates Pgk1 and Hsp90 to promote stress resistance. 著者: Chen, X. / Zhao, C. / Li, X. / Wang, T. / Li, Y. / Cao, C. / Ding, Y. / Dong, M. / Finci, L. / Wang, J.H. / Li, X. / Liu, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4o33.cif.gz | 173.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4o33.ent.gz | 135.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4o33.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/4o33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/4o33 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44660.566 Da / 分子数: 1 / 断片: protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGK1, PGKA, MIG10, OK/SW-cl.110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00558, phosphoglycerate kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-TZN / [ |
#3: 化合物 | ChemComp-3PG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 8 詳細: 25-30% PEG 4000,0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291 KK |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月24日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 24406 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.17 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XE6 解像度: 2.1→34.3 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -1.0959 Å / Origin y: 17.133 Å / Origin z: 21.9244 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |