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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nmh | ||||||
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タイトル | 11-beta-HSD1 in complex with a 3,3-Di-methyl-azetidin-2-one | ||||||
要素 | Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 | ||||||
キーワード | oxidoreductase/oxidoreductase INHIBITOR / NAD(P)-binding Rossmann-fold domains / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / oxidoreductase-oxidoreductase INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mineralocorticoid metabolic process / Glucocorticoid biosynthesis / glucocorticoid catabolic process / regulation of pentose-phosphate shunt / glucocorticoid biosynthetic process / 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity ...mineralocorticoid metabolic process / Glucocorticoid biosynthesis / glucocorticoid catabolic process / regulation of pentose-phosphate shunt / glucocorticoid biosynthetic process / 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Prednisone ADME / steroid catabolic process / steroid binding / lung development / apical part of cell / NADP binding / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | McCoull, W. / Augustin, M. / Blake, C. / Ertan, A. / Kilgour, E.K. / Krapp, S. / Moore, J.E. / Newcombe, N.J. / Packer, M.J. / Rees, A. ...McCoull, W. / Augustin, M. / Blake, C. / Ertan, A. / Kilgour, E.K. / Krapp, S. / Moore, J.E. / Newcombe, N.J. / Packer, M.J. / Rees, A. / Revill, J. / Scott, J.S. / Selmi, N. / Gerhardt, S. / Ogg, D.J. / Steinbacher, S. / Whittamore, P.R.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Identification and optimisation of 3,3-dimethyl-azetidin-2-ones as potent and selective inhibitors of 11 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 (11-beta-HSD1) 著者: McCoull, W. / Augustin, M. / Blake, C. / Ertan, A. / Kilgour, E.K. / Krapp, S. / Moore, J.E. / Newcombe, N.J. / Packer, M.J. / Rees, A. / Revill, J. / Scott, J.S. / Selmi, N. / Gerhardt, S. / ...著者: McCoull, W. / Augustin, M. / Blake, C. / Ertan, A. / Kilgour, E.K. / Krapp, S. / Moore, J.E. / Newcombe, N.J. / Packer, M.J. / Rees, A. / Revill, J. / Scott, J.S. / Selmi, N. / Gerhardt, S. / Ogg, D.J. / Steinbacher, S. / Whittamore, P.R.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nmh.cif.gz | 218.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nmh.ent.gz | 176.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nmh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nmh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 30 - 285 / Label seq-ID: 34 - 289
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32905.098 Da / 分子数: 4 / 変異: M175V, Q177Y, I180V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hsd11b1, Hsd11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P50172, 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-2KG / ( #3: 化合物 | ChemComp-NDP / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.9 M ammonium sulphate, 0.1 M citrate at pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.037 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月3日 / 詳細: toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: high resolution Si(311) cut and a lower resolution Si(111) cut プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.037 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→96.23 Å / Num. all: 25245 / Num. obs: 25245 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 40.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3360 / % possible all: 80.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→96.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 15.504 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.177 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→96.23 Å
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拘束条件 |
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