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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ngw | ||||||
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タイトル | Dialyzed HEW lysozyme batch crystallized in 0.5 M YbCl3 and collected at 100 K | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Hofmeister series (ホフマイスターシリーズ) / protein cation interactions / HEW lysozyme / ESI-mass spectrometry | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Benas, P. / Legrand, L. / Ries-Kautt, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry. 著者: Benas, P. / Auzeil, N. / Legrand, L. / Brachet, F. / Regazzetti, A. / Ries-Kautt, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Strong and specific effects of cations on lysozyme chloride solubility. 著者: Benas, P. / Legrand, L. / Ries-Kautt, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ngw.cif.gz | 75.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ngw.ent.gz | 56 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ngw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/4ngw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/4ngw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4nebC 4nfvC 4ng1C 4ng8C 4ngiC 4ngjC 4ngkC 4nglC 4ngoC 4ngvC 4ngyC 4ngzC 193lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 4.5 詳細: Dialyzed lysozyme, no buffer added, 0.5 M YbCl3, pH 4.5, Batch crystallization, EVAPORATION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.3851 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3851 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→99.4935 Å / Num. obs: 46325 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.45 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 193L 解像度: 1.37→55.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.338 / SU ML: 0.042 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.6 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.299 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→55.62 Å
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拘束条件 |
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