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万見
- PDB-4n1x: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from At... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n1x
タイトルStructure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with penicillin G
要素Peptidoglycan glycosyltransferase
キーワードTransferase/Antibiotic / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / glycosyltransferase / penicillin G / Transferase-Antibiotic Complex / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / cell division site / penicillin binding / regulation of cell shape / cell division / membrane
類似検索 - 分子機能
Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OPEN FORM - PENICILLIN G / Peptidoglycan glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Atopobium parvulum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with penicillin G
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan glycosyltransferase
B: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8184
ポリマ－99,1452
非ポリマー6732
水14,412800
1
A: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9092
ポリマ－49,5731
非ポリマー3361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidoglycan glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9092
ポリマ－49,5731
非ポリマー3361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.623, 70.141, 115.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan glycosyltransferase


分子量: 49572.531 Da / 分子数: 2 / 断片: penicillin-binding domain, UNP residues 515-954 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atopobium parvulum (バクテリア) / 株: DSM 20469 / 遺伝子: Apar_1344 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C8W8H7, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PNM / OPEN FORM - PENICILLIN G


分子量: 336.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O4S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.085 M MES, 10.2% (w/v) PEG 20000, 10 % (w/v) Glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月20日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 70573 / Num. obs: 70573 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JBF

4jbf


解像度: 2→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 8.245 / SU ML: 0.122 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23684 3550 5 %RANDOM
Rwork0.19963 ---
obs0.20153 67015 95.92 %-
all-67015 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.67 Å2-0 Å21.44 Å2
2---2.88 Å2-0 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5925 0 46 800 6771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0196106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9411.9748333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.888313005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3495824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.824.909220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.84215806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7631522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4911.2953311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4911.2943310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2611.9334130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2611.9334131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91.4772795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8971.4762793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7892.1514203
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.9056.937549
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.626.4167192
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 238 -
Rwork0.223 5090 -
obs--98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9969-0.49940.69974.7052-1.34270.7132-0.20910.14930.10230.5104-0.0061-0.7207-0.22410.09440.21530.1975-0.0315-0.04290.178-0.00090.378720.000235.341249.0876
25.41662.8920.2151.97552.336111.48040.7613-0.9146-0.26090.6092-0.4851-0.18271.10040.0757-0.27610.349-0.1176-0.15990.25860.02780.501933.072844.874664.5766
31.52230.13310.02953.0487-0.90271.40710.0510.11250.0621-0.02710.074-0.3761-0.1550.1517-0.1250.0586-0.00640.03790.0926-0.01740.128812.259823.142444.1107
40.77810.2141-0.25132.3711-0.12460.64960.0150.03920.0902-0.0069-0.00910.13120.0018-0.0319-0.00590.02860.0147-0.02050.06610.00750.038-5.783812.297651.1361
51.3168-0.1588-0.25322.9870.44561.21330.00960.18780.0903-0.30540.0554-0.0297-0.02220.0054-0.0650.08020.0102-0.01290.10820.00370.02490.086813.510238.7317
61.22110.34550.44993.7211-0.36641.0614-0.001-0.0865-0.1393-0.3949-0.0723-0.76310.26650.24720.07330.22890.04490.05120.2040.00940.323226.2184-13.34899.1512
77.0501-9.8733-3.351313.85024.66431.63041.03740.55760.0911-1.4408-0.9121-0.1082-0.5982-0.1535-0.12530.71670.05470.07770.5702-0.02290.641235.7824-19.7973-4.6446
81.4205-0.1050.22343.5371-0.61870.41060.0296-0.1255-0.01680.13220.008-0.24820.08910.1731-0.03760.13010.0298-0.04450.1771-0.02850.109517.21-2.983714.3654
90.5037-0.31540.09821.7363-0.20290.52740.0447-0.0230.0006-0.05980.01290.0402-0.0161-0.0228-0.05750.0891-0.01660.01450.0682-0.00250.0118-0.005110.30145.4781
101.40180.1428-0.14742.9449-0.59111.1579-0.0447-0.22570.03580.27040.0232-0.204-0.00610.06390.02150.1419-0.0092-0.00130.1062-0.03470.02827.0079.042919.0991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A523 - 584
2X-RAY DIFFRACTION2A585 - 603
3X-RAY DIFFRACTION3A604 - 655
4X-RAY DIFFRACTION4A656 - 884
5X-RAY DIFFRACTION5A885 - 949
6X-RAY DIFFRACTION6B523 - 580
7X-RAY DIFFRACTION7B581 - 603
8X-RAY DIFFRACTION8B605 - 668
9X-RAY DIFFRACTION9B669 - 880
10X-RAY DIFFRACTION10B881 - 950

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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