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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mzm | ||||||
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タイトル | MazF from S. aureus crystal form I, P212121, 2.1 A | ||||||
要素 | mRNA interferase MazF | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CcdB/MazF fold / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / MazE (迷路) / mRNA interferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zorzini, V. / Loris, R. / van Nuland, N.A.J. / Cheung, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014 タイトル: Structural and biophysical characterization of Staphylococcus aureus SaMazF shows conservation of functional dynamics. 著者: Zorzini, V. / Buts, L. / Sleutel, M. / Garcia-Pino, A. / Talavera, A. / Haesaerts, S. / Greve, H.D. / Cheung, A. / van Nuland, N.A. / Loris, R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Crystallization of the Staphylococcus aureus MazF mRNA interferase. 著者: Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Donegan, N.P. / Fu, Z. / Cheung, A.L. / van Nuland, N.A. / Loris, R. #2: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2011 タイトル: 1H, 13C, and 15N backbone and side-chain chemical shift assignment of the staphylococcal MazF mRNA interferase. 著者: Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Cheung, A. / Loris, R. / van Nuland, N.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mzm.cif.gz | 187.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mzm.ent.gz | 151 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mzm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14952.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 4.6 詳細: 0.2 M NH4Ac, 0.1 M NaAc pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0394 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月5日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0394 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→56.34 Å / Num. obs: 26598 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 14 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NE8 解像度: 2.1→42.48 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.75 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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