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- PDB-4myb: Crystal Structure of Francisella tularensis 2-C-methyl-D-erythrit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4myb
タイトルCrystal Structure of Francisella tularensis 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase (IspD)
要素2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / alpha and beta protein / nucleotide-diphospho-sugar transferases
機能・相同性Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Noble, S.M. / Tsang, A.K. / Couch, R.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Francisella tularensis 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase (IspD)
著者: Noble, S.M. / Tsang, A.K. / Couch, R.D.
履歴
登録2013年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4551
ポリマ－29,4551
非ポリマー00
水95553
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9112
ポリマ－58,9112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.409, 200.409, 200.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

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要素

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase


分子量: 29455.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
遺伝子: ispD, FTL_1525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2A280, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M citric acid, pH 4.5, 7% PEG6000, 0.5 M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月17日 / 詳細: bent conical Si mirror (Rh coated)
放射モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30.562 Å / Num. all: 13737 / Num. obs: 13737 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 42.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.35
反射 シェル解像度: 2.4→2.58 Å / 冗長度: 43 % / Mean I/σ(I) obs: 8.06 / Num. unique all: 1742 / Rsym value: 0.068 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30.562 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.67 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 699 5.09 %
Rwork0.2545 --
obs0.2551 13737 97.98 %
all-13737 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.29 Å2 / Biso mean: 73.974 Å2 / Biso min: 26.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.562 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 0 53 1791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2672375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.237636
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.58560.38161480.31262559270799
2.5856-2.84560.31171230.30952571269499
2.8456-3.25690.32251540.2822559271398
3.2569-4.10180.23141160.24962618273498
4.1018-30.56450.23281580.22232731288996
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03831.9161-1.40751.3512-1.04840.78570.5709-1.301-0.04911.1991-0.53581.00540.7489-1.4156-0.10711.0428-0.48030.26511.01860.12780.9401-17.279216.491651.0641
28.67391.70671.5766.0420.07745.75240.1958-0.13860.20120.6811-0.10120.82490.411-0.6416-0.1140.4525-0.12360.01920.25120.00870.4467-8.7819.671539.301
32.11298.20717.14889.78636.65768.2982-0.78630.0220.7963-0.09090.38820.1481-0.7112-0.18510.40140.58250.12280.10280.51120.09880.88060.1381-6.370632.0897
44.13340.45532.51033.7091-1.28616.4210.47660.2691-0.51150.59690.1119-0.01690.91920.0923-0.49730.5779-0.049-0.22950.18240.05250.528-5.734713.321732.6143
56.17014.0869-1.91977.96581.33232.80360.3938-0.6298-0.72611.0404-0.196-0.27570.4956-0.0763-0.15473.2274-0.7148-0.4625-0.31990.73960.6527-6.62510.234854.4754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:75)A3 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 76:136)A76 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 137:155)A137 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 156:214)A156 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 215:227)A215 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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