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- PDB-4mud: Crystal structure of a ring oxydation complex/ phenylacetic acid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mud
タイトルCrystal structure of a ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation-like protein (SSO1313) from Sulfolobus solfataricus P2 at 2.43 A resolution
要素Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Phenylacetic acid catabolic protein / PF05138 family / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylacetate catabolic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A/C / Phenylacetic acid catabolic protein / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation-like protein (SSO1313) from Sulfolobus solfataricus P2 at 2.43 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
B: Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
C: Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
D: Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,09912
ポリマ－110,6034
非ポリマー4978
水3,063170
1
A: Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
B: Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3012
ポリマ－55,3012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
2
C: Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
D: Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,79810
ポリマ－55,3012
非ポリマー4978
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.730, 64.250, 77.010
Angle α, β, γ (deg.)80.290, 70.080, 86.420
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ring oxydation complex/ phenylacetic acid degradation related protein


分子量: 27650.701 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: SSO1313 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q97YL0
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 1-234 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20.00% polyethylene glycol 3350, 0.200M sodium formate, No Buffer pH 7.2, Additive: 0.003 M phenylacetate, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97941,0.97855
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月22日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979411
30.978551
反射解像度: 2.43→29.229 Å / Num. obs: 31723 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 45.633 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.43-2.520.2241.97327644587.7
2.52-2.620.1842.26881609687.8
2.62-2.740.1642.66992619287.6
2.74-2.880.1293.46703592886.2
2.88-3.060.1164.26289558978.3
3.06-3.30.0945.27236645290.7
3.3-3.620.096.56804612890
3.62-4.150.0747.66938628287.1
4.15-5.210.0528.16502589183.9
5.210.0578.36965635488.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.43→29.229 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5.1,2-ETHANEDIOL (EDO) USED AS A CRYOPROTECTANT WERE MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 1563 4.93 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
obs0.1821 31723 89.91 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.93 Å2 / Biso mean: 46.8855 Å2 / Biso min: 17.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6777 Å2-2.2715 Å22.4879 Å2
2---2.3954 Å21.1644 Å2
3----2.2824 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.341 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→29.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7252 0 32 170 7454
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3603SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes236HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1058HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7551HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion964SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8924SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7551HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10231HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.22
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.51 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 121 4.02 %
Rwork0.1871 2890 -
all0.1875 3011 -
obs--89.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4368-0.42310.27891.3671-0.38042.57780.05880.21480.0638-0.1367-0.02040.0083-0.1143-0.0232-0.0384-0.10380.0010.0115-0.0613-0.0268-0.147310.636526.2881-9.6103
21.82380.57850.22353.05620.21111.2184-0.0936-0.08580.17680.07820.0652-0.0301-0.0815-0.07060.0284-0.1050.0147-0.0284-0.0957-0.0195-0.121817.298336.02224.2958
32.33080.0334-0.01153.929-0.25851.3134-0.07420.2435-0.1311-0.16820.0921-0.13980.1545-0.0921-0.0178-0.1289-0.04710.0813-0.1247-0.0401-0.1621.541858.06590.4626
42.43980.4099-0.2421.8276-0.93742.7308-0.0554-0.2718-0.05970.14940.1228-0.0070.1117-0.1028-0.0674-0.11220.01310.0058-0.0938-0.0255-0.157514.614668.089834.0654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1-222 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|3-223 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|3-222 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1-223 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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