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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mqu | ||||||
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タイトル | Human GKRP complexed to AMG-3969 and S6P | ||||||
要素 | Glucokinase regulatory proteinグルコキナーゼ調節タンパク質 | ||||||
キーワード | Transferase Inhibitor / SIS domains / Regulatory protein (遺伝子発現の調節) / Binds fructose phosphates and glucokinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of glucokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose sensor activity / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / carbohydrate derivative metabolic process / response to fructose / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / enzyme inhibitor activity ...negative regulation of glucokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose sensor activity / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / carbohydrate derivative metabolic process / response to fructose / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / enzyme inhibitor activity / triglyceride homeostasis / response to glucose / protein import into nucleus / glucose homeostasis / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / enzyme binding / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | St Jean, D.J. / Ashton, K.S. / Bartberger, M.D. / Chen, J. / Chmait, S. / Cupples, R. / Galbreath, E. / Helmering, J. / Jordan, S.R. / Liu, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Small molecule disruptors of the glucokinase-glucokinase regulatory protein interaction: 2. Leveraging structure-based drug design to identify analogues with improved pharmacokinetic profiles. 著者: St Jean, D.J. / Ashton, K.S. / Bartberger, M.D. / Chen, J. / Chmait, S. / Cupples, R. / Galbreath, E. / Helmering, J. / Hong, F.T. / Jordan, S.R. / Liu, L. / Kunz, R.K. / Michelsen, K. / ...著者: St Jean, D.J. / Ashton, K.S. / Bartberger, M.D. / Chen, J. / Chmait, S. / Cupples, R. / Galbreath, E. / Helmering, J. / Hong, F.T. / Jordan, S.R. / Liu, L. / Kunz, R.K. / Michelsen, K. / Nishimura, N. / Pennington, L.D. / Poon, S.F. / Reid, D. / Sivits, G. / Stec, M.M. / Tadesse, S. / Tamayo, N. / Van, G. / Yang, K.C. / Zhang, J. / Norman, M.H. / Fotsch, C. / Lloyd, D.J. / Hale, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mqu.cif.gz | 243.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mqu.ent.gz | 195.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mqu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mqu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 70178.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCKR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q14397 #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 264分子
#2: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.36 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Well buffer: 0.1M Bis-tris, 0.2M NaI, 16% PEG 8K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→35.8 Å / Num. all: 62711 / Num. obs: 58853 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Internal structures 解像度: 2.22→35.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 7.408 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.458 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→35.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.219→2.277 Å / Total num. of bins used: 20
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