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- PDB-4mmx: Integrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to the tenth domain of Fibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mmx
タイトルIntegrin AlphaVBeta3 ectodomain bound to the tenth domain of Fibronectin
要素
  • Fibronectinフィブロネクチン
  • Integrin alpha-VIntegrin alpha V
  • Integrin beta-3Integrin beta 3
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / integrin (インテグリン) / A domain / hybrid domain / PSI / EGF repeats / beta TA thigh / beta propeller (Βプロペラドメイン) / RGD motif / fibronectin (フィブロネクチン) / vitronectin (ビトロネクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / negative regulation of monocyte activation / calcium-independent cell-matrix adhesion / integrin alphav-beta1 complex ...integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / negative regulation of monocyte activation / calcium-independent cell-matrix adhesion / integrin alphav-beta1 complex / negative regulation of transforming growth factor beta production / Fibronectin matrix formation / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / Extracellular matrix organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / peptidase activator activity / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / Laminin interactions / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / fibrinogen complex / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / peptide cross-linking / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / fibrinogen binding / glycinergic synapse / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / integrin activation / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / ALK mutants bind TKIs / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / Elastic fibre formation / regulation of phagocytosis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cell-substrate junction assembly / mesodermal cell differentiation / transforming growth factor beta binding / angiogenesis involved in wound healing / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / wound healing, spreading of epidermal cells / apoptotic cell clearance / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / integrin complex / biological process involved in interaction with symbiont / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / proteoglycan binding / positive regulation of intracellular signal transduction / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / extracellular matrix structural constituent / MET activates PTK2 signaling / Syndecan interactions / negative chemotaxis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / endodermal cell differentiation / activation of protein kinase activity / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Non-integrin membrane-ECM interactions / 基底膜 / positive regulation of cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Hormone receptor fold / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / フィブロネクチンI型ドメイン / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. ...Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Hormone receptor fold / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / フィブロネクチンI型ドメイン / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / ラミニン / ラミニン / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Kringle-like fold / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / リボン / Few Secondary Structures / イレギュラー / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / フィブロネクチン / Integrin beta-3 / Integrin alpha-V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者van Agthoven, J. / Xiong, J. / Arnaout, M.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for pure antagonism of integrin alpha V beta 3 by a high-affinity form of fibronectin.
著者: Van Agthoven, J.F. / Xiong, J.P. / Alonso, J.L. / Rui, X. / Adair, B.D. / Goodman, S.L. / Arnaout, M.A.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22014年4月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-3
C: Fibronectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,90825
ポリマ－192,9213
非ポリマー6,98722
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16100 Å2
ΔGint49 kcal/mol
Surface area79550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.859, 129.859, 305.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Integrin alpha-V / Integrin alpha V / Vitronectin receptor subunit alpha / Integrin alpha-V heavy chain / Integrin alpha-V light chain


分子量: 106048.359 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain (UNP residues 31-989) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: alphav, ITGAV, MSK8, VNRA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Integrin beta 3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 76523.125 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain (UNP residues 27-718) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP3A, ITGB3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: P05106
#3: タンパク質 Fibronectin / フィブロネクチン / FN / Cold-insoluble globulin / CIG


分子量: 10349.573 Da / 分子数: 1
断片: Fibronectin type-III domain 10 (UNP residues 1448-1540)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Fibronectin, FN, FN1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02751

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糖 , 5種, 14分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DManpb1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 10分子

#9: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 12% PEG3350, 0.8 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月13日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→75.49 Å / Num. all: 67157 / Num. obs: 39593 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 5.3 / Observed criterion σ(I): 5.3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.32→3.41 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.676 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.32→42.506 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 1942 4.91 %
Rwork0.2082 --
obs0.2105 39586 88 %
all-39661 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→42.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13184 0 440 2 13626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86418917
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4765175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.32-3.4030.34421470.2823003X-RAY DIFFRACTION100
3.403-3.4950.3324850.29251356X-RAY DIFFRACTION46
3.495-3.59780.33791660.25922984X-RAY DIFFRACTION100
3.5978-3.71380.3559470.25321222X-RAY DIFFRACTION40
3.7138-3.84650.28791270.24943018X-RAY DIFFRACTION100
3.8465-4.00040.3271820.23111431X-RAY DIFFRACTION47
4.0004-4.18230.23181520.21323046X-RAY DIFFRACTION100
4.1823-4.40260.22551380.19153033X-RAY DIFFRACTION100
4.4026-4.67810.21871730.16743029X-RAY DIFFRACTION100
4.6781-5.03880.22141750.16773027X-RAY DIFFRACTION100
5.0388-5.54490.24321840.18913037X-RAY DIFFRACTION100
5.5449-6.34490.27681590.21883077X-RAY DIFFRACTION100
6.3449-7.98530.28661680.22723125X-RAY DIFFRACTION100
7.9853-42.50990.23171390.19413256X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.39060.88840.69573.0593-0.59392.1627-0.35520.26450.2765-0.22350.2243-0.0609-0.46530.1520.14250.6904-0.2076-0.02710.35330.0160.42317.670456.022722.3377
25.29810.19332.1397-0.26650.00270.894-0.15310.73510.178-0.27550.11110.225-0.03980.07240.05940.9959-0.3319-0.21240.76450.1530.8212-27.346248.12631.3003
32.7018-0.76381.26823.2187-1.31989.0208-0.2405-0.15660.0558-0.05110.19710.33810.26840.4128-0.07590.7898-0.0566-0.1890.5470.06770.7545-51.824942.508421.8435
44.9222-2.07893.26053.2128-2.12246.7644-0.155-0.4131-0.06150.43570.0949-0.03310.0388-0.03160.03210.85930.23950.04730.4727-0.0590.614-26.157936.541271.6901
58.1396-2.30665.55882.4857-2.37526.17470.29570.3559-1.289-0.59870.30980.38270.4292-0.5509-0.50621.3274-0.3053-0.13770.7164-0.0131.283-33.1362.39811.797
62.93811.4970.29893.6621-0.98720.9410.2982-0.2075-1.20580.5488-0.2607-1.00190.30110.1458-0.14280.8462-0.0059-0.01950.38710.02510.80276.771515.518734.8628
71.28740.2862-0.56934.6073-1.54022.790.09840.0834-0.8833-0.12560.157-0.81960.27550.4518-0.23550.691-0.0766-0.0120.4161-0.00941.062518.391727.144831.7473
83.84183.39520.07654.78990.85940.0008-0.0753-0.2195-0.50220.0282-0.0898-0.280.3084-0.09670.16670.9226-0.0438-0.01310.38130.07950.7074-3.833118.65133.7582
92.18-3.26911.68453.2293-2.70612.10990.68092.6311-0.2506-1.6997-0.64010.43641.30270.2625-0.01452.0135-0.3861-0.12962.032-0.07131.0894-30.5697.8594-2.3379
106.0040.25622.83392.6982.0843.5831-0.65970.7280.9211-0.9438-0.14951.0887-0.171-0.02590.80491.2157-0.2304-0.25020.86460.06571.3107-38.530124.407115.2156
114.3504-6.79944.58942.2259-6.56264.3707-0.1708-0.335-0.007-0.41410.2678-1.37930.1384-0.4051-0.16120.9494-0.0260.03840.5691-0.03821.0607-18.548217.32858.9574
123.2282.30510.87591.69691.94665.7685-0.0670.1901-0.070.14720.1623-0.70190.01350.6996-0.17421.32790.2755-0.04870.58090.08421.2316-7.549415.236268.4775
130.1995-0.4275-1.37641.18153.56861.99720.63490.46840.18020.8019-0.339-0.2921-0.21920.8305-0.12973.05410.6199-0.87021.8254-0.44012.123427.436947.189961.8913
140.55141.0101-0.12492.0306-0.3060.05020.0147-2.03551.38811.3349-1.56112.1458-1.51021.54511.28855.26851.3106-0.80644.1225-1.61952.730915.933146.435478.4304
159.2787-4.19878.90622.066-6.53892.0855-0.2749-1.80380.71751.9619-1.0808-1.11842.79970.85851.37042.3062-0.0045-0.03171.6258-0.12151.096818.644546.668860.1587
162.0047-1.54764.34227.5854.47419.3371-0.86022.18213.784-1.6325-1.8395-0.3513-2.61040.56922.54972.8450.3147-0.1911.79210.2552.397816.317828.873268.6822
176.658-6.7997-1.63077.60714.01538.55130.5768-1.3693-0.69122.2399-1.69172.71451.51241.72171.11221.9604-0.17820.47991.4019-0.02121.162713.278548.299662.6235
186.87844.408-0.67433.8529-3.45569.03280.4175-0.4821-0.0227-1.2215-1.4617-1.51834.04372.97251.10772.13610.47410.34133.05730.91161.962314.596336.336876.4496
196.0018-3.1645-5.80471.66283.04845.6361-0.1676-3.373-0.21992.73050.6362-1.07772.94590.4031-0.52293.0997-0.9451-0.06372.5867-0.36141.07519.630940.149961.7817
207.0362-5.0136-7.14674.76476.56569.1199-0.2013-1.86191.18582.088-0.4101-2.74863.65071.08010.43151.5795-0.1504-0.37930.74290.13591.219420.823541.561648.3461
21-0.0149-0.0151-0.0129-0.0195-0.0095-0.00541.8068-2.1859-0.11721.17080.30770.0987-5.36890.7216-1.84472.48790.14580.79883.61460.6441.681423.869238.868873.2168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 320 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 321 through 590 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 591 through 729 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 730 through 956 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 75 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 76 through 169 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 170 through 278 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 279 through 423 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 424 through 462 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 463 through 588 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 589 through 630 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 631 through 690 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1417 through 1425 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1426 through 1433 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1434 through 1452 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1453 through 1461 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1462 through 1473 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1474 through 1483 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1484 through 1490 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1491 through 1502 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1503 through 1509 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る