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- PDB-4mkv: Structure of Pisum sativum Rubisco with ABA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mkv
タイトルStructure of Pisum sativum Rubisco with ABA
要素(Ribulose bisphosphate carboxylase ...リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) x 2
キーワードLYASE (リアーゼ) / rubisco (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) / ribulose-1 (リブロース) / 5-bisphosphate / garden pea / abscisic acid (アブシシン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / 葉緑体 / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / リン酸塩 / RIBULOSE-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 3
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Loewen, M.C. / Loewen, P.C. / Switala, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Identification of Interactions between Abscisic Acid and Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase.
著者: Galka, M.M. / Rajagopalan, N. / Buhrow, L.M. / Nelson, K.M. / Switala, J. / Cutler, A.J. / Palmer, D.R. / Loewen, P.C. / Abrams, S.R. / Loewen, M.C.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
V: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,02516
ポリマ－262,2358
非ポリマー1,7908
水18,5551030
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
V: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
V: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)528,05032
ポリマ－524,47116
非ポリマー3,57916
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area104660 Å2
ΔGint-427 kcal/mol
Surface area119500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.440, 110.230, 203.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
詳細The biological assembly is a hexadecamer generated from the octamer in the asymmetric unit by the operation -X, Y, -Z plus translation 0, -1, 0.

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要素

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Ribulose bisphosphate carboxylase ... , 2種, 8分子 ABCDSTUV

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit / Ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase oxygenase


分子量: 50999.855 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 12-469 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 組織: leaf
参照: UniProt: P04717, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 3A, chloroplastic / RuBisCO small subunit 3A


分子量: 14558.974 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 58-180 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 組織: leaf
参照: UniProt: P07689, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ

-
糖 , 1種, 4分子

#3: 糖
ChemComp-RUB / RIBULOSE-1,5-DIPHOSPHATE / リブロ-ス1,5-ビスりん酸 / リブロース-1,5-ビスリン酸


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 310.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O11P2

-
非ポリマー , 3種, 1034分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid, (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸 / アブシシン酸


分子量: 264.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4 / コメント: ホルモン*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1030 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG6000, 0.1 M HEPES, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→110.23 Å / Num. all: 128333 / Num. obs: 128333 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 27.95 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.15-2.272.70.4461.551625190350.44697.4
2.27-2.42.80.3372.149338179230.33797.1
2.4-2.572.80.2592.846464167870.25996.7
2.57-2.782.80.1853.943379155560.18596.3
2.78-3.042.80.1345.440049142860.13495.8
3.04-3.42.80.1165.736316128820.11695.3
3.4-3.932.90.0867.632224113010.08694.4
3.93-4.812.90.06210.62719294170.06293.2
4.81-6.82.90.05411.22108772110.05491.5
6.8-48.5152.90.03616.21147439350.03688.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9462 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9247 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1974 6458 5.03 %RANDOM
Rwork0.1621 ---
obs0.1639 128282 94.93 %-
原子変位パラメータBiso max: 131.24 Å2 / Biso mean: 30.2652 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0915 Å20 Å20 Å2
2---3.1835 Å20 Å2
3----2.908 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.213 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18488 0 106 1030 19624
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6595SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes412HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2850HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19210HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2381SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23379SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19210HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26083HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.81
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 490 5.06 %
Rwork0.2022 9190 -
all0.2042 9680 -
obs--94.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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