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- PDB-4mgm: Crystal structure of the in vitro transcribed G. kaustophilus tRNA-Gly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mgm
タイトルCrystal structure of the in vitro transcribed G. kaustophilus tRNA-Gly
要素tRNA glycine
キーワードRNA (リボ核酸) / RNA-RNA complex / base stacking (核酸の三次構造) / T-loop / RNA binding (リボ核酸)
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Grigg, J.C. / Ke, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants for Geometry and Information Decoding of tRNA by T Box Leader RNA.
著者: Grigg, J.C. / Ke, A.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA glycine
B: tRNA glycine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,68516
ポリマ－48,3452
非ポリマー34014
水0
1
A: tRNA glycine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2946
ポリマ－24,1721
非ポリマー1225
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: tRNA glycine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,39110
ポリマ－24,1721
非ポリマー2199
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.233, 28.409, 132.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain B) / NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'B')

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要素

#1: RNA鎖 tRNA glycine


分子量: 24172.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: in vitro transcribed. Occurs naturally in Geobacillus kaustophilus
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 75mM NaCl, 2mM CoCl2, 50mM sodium cacodylate, 0.5mM spermine, 30% w/v 1,6-Hexanediol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月1日
放射モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→35 Å / Num. obs: 8419 / % possible obs: 82.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 62.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.2-3.2640.3243.14146.2
3.26-3.314.10.2374.04151.7
3.31-3.383.90.2617.1153.2
3.38-3.454.10.2314.39153
3.45-3.523.90.3213.1160.5
3.52-3.64.20.2115.35165
3.6-3.694.20.3053.23170.7
3.69-3.794.10.2853.57181
3.79-3.94.80.2924185
3.9-4.035.20.3516.05191.2
4.03-4.175.20.3653.75195.4
4.17-4.345.70.3913.78196.7
4.34-4.546.20.335.08198.6
4.54-4.786.50.2397.58199.2
4.78-5.086.60.2049.25199.8
5.08-5.476.80.16311.181100
5.47-6.0170.142131100
6.01-6.8870.11114.21100
6.88-8.646.90.07519.361100
8.64-356.30.06324.7199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Adxvdata processing
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L0U

3l0u


解像度: 3.2→33.169 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 380 4.97 %
Rwork0.2477 --
obs0.2485 7647 77.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.3276 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→33.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2694 14 0 2708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4034674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2521494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002126
Refine LS restraints NCS数: 1384 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 5.757 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2004-3.6630.2513750.22151372X-RAY DIFFRACTION45
3.663-4.6130.31581360.25872688X-RAY DIFFRACTION87
4.613-33.17080.24261690.24823207X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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