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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mfu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human CTNNBL1(residues 77~563) | ||||||
要素 | Beta-catenin-like protein 1 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / ARM repeats | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 somatic diversification of immunoglobulins / Prp19 complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / 獲得免疫系 / positive regulation of apoptotic process / 中心体 / enzyme binding / 核質 ...somatic diversification of immunoglobulins / Prp19 complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / 獲得免疫系 / positive regulation of apoptotic process / 中心体 / enzyme binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.744 Å | ||||||
データ登録者 | Ahn, J.W. / Kim, S. / Kim, K.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Structural insights into the novel ARM-repeat protein CTNNBL1 and its association with the hPrp19-CDC5L complex 著者: Ahn, J.W. / Kim, S. / Kim, E.J. / Kim, Y.J. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mfu.cif.gz | 108.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mfu.ent.gz | 83.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mfu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/4mfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/4mfu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56379.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 77-563 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNBL1, C20orf33, PP8304 / プラスミド: pPosKJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q8WYA6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.08 % / Mosaicity: 0.767 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: PEG8000, CAPs, NaCl, pH 9.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 13.9 % / 数: 302721 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 4.14 / D res high: 2.74 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 21766 / % possible obs: 95.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.74→47.38 Å / Num. obs: 22673 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 36.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1,2
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.744→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 18.978 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 192.1 Å2 / Biso mean: 85.3169 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.744→47.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.744→2.815 Å / Total num. of bins used: 20
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