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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mf9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of holo-PhuS, a heme-binding protein from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Hemin degrading factor | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / host-pathogen interactions / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / heme-trafficking protein / heme-degrading enzyme / heme (ヘム) / HemO | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, M.J.Y. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: Structural analysis and identification of PhuS as a heme-degrading enzyme from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Lee, M.J. / Schep, D. / McLaughlin, B. / Kaufmann, M. / Jia, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mf9.cif.gz | 158.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mf9.ent.gz | 124.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mf9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/4mf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/4mf9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39962.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: phuS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68880 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 0.3 M sodium acetate, 0.1 M Tris, 30% PEG 4000, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 54423 / Num. obs: 54263 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.712 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.712 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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