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万見
- PDB-4m6r: Structural and biochemical basis for the inhibition of cell death... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m6r
タイトルStructural and biochemical basis for the inhibition of cell death by APIP, a methionine salvage enzyme
要素Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase
キーワードLYASE (リアーゼ) / APIP / MtnB / Class II aldolase family / dehydratase (脱水酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


methylthioribulose 1-phosphate dehydratase / methylthioribulose 1-phosphate dehydratase activity / Methionine salvage pathway / Formation of apoptosome / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / Regulation of the apoptosome activity / pyroptotic inflammatory response / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein homotetramerization ...methylthioribulose 1-phosphate dehydratase / methylthioribulose 1-phosphate dehydratase activity / Methionine salvage pathway / Formation of apoptosome / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / Regulation of the apoptosome activity / pyroptotic inflammatory response / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein homotetramerization / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase, eukaryotes / Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase / L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kang, W. / Hong, S.H. / Lee, H.M. / Kim, N.Y. / Lim, Y.C. / Le, L.T.M. / Lim, B. / Kim, H.C. / Kim, T.Y. / Ashida, H. ...Kang, W. / Hong, S.H. / Lee, H.M. / Kim, N.Y. / Lim, Y.C. / Le, L.T.M. / Lim, B. / Kim, H.C. / Kim, T.Y. / Ashida, H. / Yokota, A. / Hah, S.S. / Chun, K.H. / Jung, Y.K. / Yang, J.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural and biochemical basis for the inhibition of cell death by APIP, a methionine salvage enzyme.
著者: Kang, W. / Hong, S.H. / Lee, H.M. / Kim, N.Y. / Lim, Y.C. / Le, L.T.M. / Lim, B. / Kim, H.C. / Kim, T.Y. / Ashida, H. / Yokota, A. / Hah, S.S. / Chun, K.H. / Jung, Y.K. / Yang, J.K.
履歴
登録2013年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase
B: Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase
C: Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase
D: Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4838
ポリマ－101,2214
非ポリマー2624
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11370 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area33500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.035, 107.735, 192.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23B
33C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSASNASN2AA21 - 1823 - 164
21LYSLYSASNASN2BB21 - 1823 - 164
31LYSLYSASNASN2CC21 - 1823 - 164
41LYSLYSASNASN2DD21 - 1823 - 164
12TYRTYRSERSER2AA184 - 232166 - 214
22TYRTYRSERSER2BB184 - 232166 - 214
32TYRTYRSERSER2CC184 - 232166 - 214
42TYRTYRSERSER2DD184 - 232166 - 214
13GLNGLNVALVAL4AA233 - 242215 - 224
23GLNGLNVALVAL4BB233 - 242215 - 224
33GLNGLNVALVAL4CC233 - 242215 - 224

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase / MTRu-1-P dehydratase / APAF1-interacting protein / hAPIP


分子量: 25305.297 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 20-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APIP, CGI-29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96GX9, methylthioribulose 1-phosphate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.04M citric acid, 0.06M bis-tris propane, 5%(v/v) glycerol, 21%(w/v) PEG 3350, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00000, 0.91977, 0.91957, 0.90633
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月10日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.919771
30.919571
40.906331
反射解像度: 2→96.05 Å / Num. obs: 72069 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 81.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.302 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22027 3616 5 %RANDOM
Rwork0.18098 ---
all0.18294 ---
obs0.18294 68405 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7049 0 4 567 7620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0227221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0491.9679742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5555889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.74424.211304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.153151313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7881532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.210.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2161.54438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16827177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.07232783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9694.52565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A648tight positional0.070.05
11B648tight positional0.080.05
11C648tight positional0.080.05
11D648tight positional0.070.05
22A196tight positional0.070.05
22B196tight positional0.050.05
22C196tight positional0.060.05
22D196tight positional0.060.05
11A628medium positional0.070.5
11B628medium positional0.090.5
11C628medium positional0.080.5
11D628medium positional0.080.5
22A199medium positional0.080.5
22B199medium positional0.070.5
22C199medium positional0.070.5
22D199medium positional0.070.5
33A71medium positional0.240.5
33B71medium positional0.150.5
33C71medium positional0.240.5
11A648tight thermal0.320.5
11B648tight thermal0.50.5
11C648tight thermal0.430.5
11D648tight thermal0.390.5
22A196tight thermal0.420.5
22B196tight thermal0.470.5
22C196tight thermal0.510.5
22D196tight thermal0.580.5
11A628medium thermal0.342
11B628medium thermal0.412
11C628medium thermal0.432
11D628medium thermal0.362
22A199medium thermal0.382
22B199medium thermal0.442
22C199medium thermal0.52
22D199medium thermal0.482
33A71medium thermal3.292
33B71medium thermal2.892
33C71medium thermal6.062
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 219 -
Rwork0.219 4122 -
obs--79.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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