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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m4w | ||||||
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タイトル | Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION (DNA複製) / primase (DNAプライマーゼ) / helicase loader / DnaB / DnaG / DnaI / DNA replication (DNA複製) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA primase DnaG / primosome complex / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ヘリカーゼ / DNA複製 / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...DNA primase DnaG / primosome complex / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / ヘリカーゼ / DNA複製 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.1 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, B. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013 タイトル: Structure of a helicase-helicase loader complex reveals insights into the mechanism of bacterial primosome assembly. 著者: Liu, B. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m4w.cif.gz | 759.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m4w.ent.gz | 633 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m4w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m4w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50699.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: dnaB / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4C9 #2: タンパク質 | 分子量: 16796.490 Da / 分子数: 3 / Fragment: Helicase Binding Domain (UNP residues 455-597) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: dnaG / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4D0 #3: タンパク質 | 分子量: 36991.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: BSU28980, dnaI, ytxA / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P06567 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.29 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 11-13% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 50 mM TRIS, pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 6→50 Å / Num. all: 26476 / Num. obs: 26476 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.175 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 6→6.21 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique all: 2472 / Rsym value: 1 / % possible all: 90.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.768 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.73 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 3.614 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 140.281 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 6.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 6.1→6.242 Å / Total num. of bins used: 20
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