+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lqp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the Cbk1(T743E)-Mob2 kinase-coactivator complex, in crystal form A | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE activator / Kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE activator complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of fungal-type cell wall organization / budding cell apical bud growth / cellular bud / prospore membrane / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / : / incipient cellular bud site / septum digestion after cytokinesis / cellular bud tip / serine/threonine protein kinase complex ...regulation of fungal-type cell wall organization / budding cell apical bud growth / cellular bud / prospore membrane / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / : / incipient cellular bud site / septum digestion after cytokinesis / cellular bud tip / serine/threonine protein kinase complex / : / cellular bud neck / mating projection tip / establishment or maintenance of cell polarity / protein kinase activator activity / regulation of protein secretion / cytoplasmic stress granule / 細胞皮質 / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / 細胞周期 / 細胞分裂 / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / シグナル伝達 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Gogl, G. / Remenyi, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2015 タイトル: The Structure of an NDR/LATS Kinase-Mob Complex Reveals a Novel Kinase-Coactivator System and Substrate Docking Mechanism. 著者: Gogl, G. / Schneider, K.D. / Yeh, B.J. / Alam, N. / Nguyen Ba, A.N. / Moses, A.M. / Hetenyi, C. / Remenyi, A. / Weiss, E.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lqp.cif.gz | 128.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4lqp.ent.gz | 93.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/4lqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/4lqp | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58784.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 251-756 / 変異: D475A, T743E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CBK1, N1727, YNL161W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P53894, non-specific serine/threonine protein kinase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 28415.197 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46-287 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MOB2, YFL034C-B, YFL035C, YFL035C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43563 |
#3: 化合物 | ChemComp-ANP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.88 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 20,000 buffered with 0.1M Na-citrate, pH 5.5, Microbatch under oil, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.5→49.591 Å / Num. all: 12243 / Num. obs: 12238 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2.83 / Observed criterion σ(I): 2.83 |
反射 シェル | 解像度: 4.5→4.66 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.5→49.59 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.29 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→49.59 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|