PDB-4lfe: Crystal structure of geranylgeranyl diphosphate synthase sub1274 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lfe

タイトル

Crystal structure of geranylgeranyl diphosphate synthase sub1274 (target efi-509455) from streptococcus uberis 0140j with bound magnesium and isopentyl diphosphate, partially liganded complex;

要素

Geranylgeranyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / ISOPRENOID SYNTHASE /

ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

機能・相同性情報

(2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase /

geranyltranstransferase activity / isoprenoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus uberis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Geranylgeranyl Diphosphate Synthase from Streptococcus Uberis 0140J
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Imker, H.J. / Al Obaidi, N. / Stead, M. / ...

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lfe.cif.gz	235.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lfe.ent.gz	190.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/4lfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/4lfe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lfgC 4gp1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2for-d 3wlk-d 3zl6-d 7lbj-d 1iew-d 3zou-d 3zmb-d 3wln-d 3oac-2 3zcd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-509455

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Geranylgeranyl diphosphate synthase

B: Geranylgeranyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.798, 75.789, 124.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.80887, -0.286453, -0.513492), (-0.296929, -0.554771, 0.777215), (-0.507506, 0.781136, 0.363681)	118.98421, 114.34899, -20.95011

#1: タンパク質	Geranylgeranyl diphosphate synthase 分子量: 32298.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus uberis (バクテリア) 株: 0140J / 遺伝子: fps, SUB1274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL 参照: UniProt: B9DUT7, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸分子量: 246.092 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M MES-NAOH, PH 6.5, 25% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 48833 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.882 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GP1

4gp1

解像度: 1.95→46.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 8.413 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23631	1510	3.1 %	RANDOM
R_work	0.20698	-	-	-
obs	0.20794	46768	97.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.708 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4368	0	47	226	4641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.091	1.989	6093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.728	3	10156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.683	5	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.717	25	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.481	15	813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.256	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	969
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.185	2.378	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.172	2.375	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.16	3.965	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.165	3.967	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.448	3.14	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.447	3.141	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.537	4.882	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.17	11.548	5396
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.216	11.298	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.953→2.004 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	98	-
R_work	0.292	3429	-
obs	-	-	97.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2685	0.1586	0.9968	0.6489	0.3985	2.0409	0.0261	-0.0569	-0.0865	-0.0293	-0.0025	-0.1278	0.1025	0.2415	-0.0236	0.1919	0.0006	0.0175	0.081	-0.0002	0.1775	61.8746	69.438	26.0976
2	1.5854	-0.2303	0.2403	0.6697	0.2448	1.4434	-0.002	0.0041	0.1346	0.0098	-0.0335	0.0485	-0.0432	-0.1116	0.0355	0.1507	-0.0047	0.0059	0.0096	-0.001	0.145	35.7144	77.1885	10.3189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 289
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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