PDB-4l1r: Glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type 1, A549T Rate-of-En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l1r

タイトル

Glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type 1, A549T Rate-of-Entry mutant, low-pH

要素

Envelope glycoprotein B

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Coiled-Coil (コイルドコイル) / envelope glycoprotein /

membrane fusion / rate of entry / entry rate /

Pleckstrin homology domain /

Viral Entry (ウイルス侵入) /

Heparan sulfate (ヘパラン硫酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell /

エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.0255 Å

データ登録者

Stampfer, S.D. / Heldwein, E.E.

履歴

登録	2013年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l1r.cif.gz	506 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l1r.ent.gz	425.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/4l1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/4l1r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gum 3nw8 3nwa 3nwd 3nwf 4hsi
類似構造データ	3nw8-4 3nwf-1 3nw8-3 4hsi-2 3nwf-2 3nwa-4 3nw8-1 3nwd-3 4hsi-1 3nwd-2 3nwd-1 3nwa-3 3nw8-2 3nwf-4 4hsi-3 3nwa-1 3nwd-4 6esc-1 3nwa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Envelope glycoprotein B

B: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

160 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
241 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
239 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.432, 117.432, 160.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein B / gB / gB-1 / gB1

分子量: 78903.320 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain (UNP residues 30 to 730) / 変異: A549T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: KOS / 遺伝子: gB, UL27 / プラスミド: PVT-BAC
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P06437

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド /

塩化物

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

AUTHORS STATE THAT HSV-1 STRAIN KOS SEQUENCE IN THE UNP DATABASE CONTAINS THREE MUTATIONS RELATIVE ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.61 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15% PEG 4000, 0.3 M NaCl, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月9日
詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification.

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.02→50 Å / Num. all: 48338 / Num. obs: 48077 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
3.02-3.13	4.3	1	96
3.13-3.25	6.4	1	99.8	0.821
3.25-3.4	8	1	100	0.637
3.4-3.58	8.6	1	100	0.427
3.58-3.8	8.6	1	100	0.285
3.8-4.1	8.5	1	100	0.18
4.1-4.51	8.6	1	100	0.12
4.51-5.16	8.6	1	100	0.092
5.16-6.5	8.8	1	100	0.086
6.5-50	8.7	1	100	0.048

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	dev_1391	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.0255→48.473 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8016 / SU ML: 0.46 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2433	2261	5.02 %
R_work	0.2007	42746	-
obs	0.2028	45007	93.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 253.68 Å² / B_iso mean: 99.743 Å² / B_iso min: 36.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.0255→48.473 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9761	0	141	31	9933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10175
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.877	13836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1795
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.953	3684

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0255-3.0912	0.3781	111	0.362	2072	2183	72
3.0912-3.1631	0.3503	130	0.3211	2358	2488	82
3.1631-3.2422	0.393	127	0.3011	2435	2562	86
3.2422-3.3299	0.3658	136	0.2984	2535	2671	88
3.3299-3.4278	0.3668	138	0.2712	2631	2769	91
3.4278-3.5384	0.2865	148	0.2543	2633	2781	93
3.5384-3.6648	0.3431	148	0.2394	2717	2865	95
3.6648-3.8115	0.2681	148	0.2261	2749	2897	96
3.8115-3.9849	0.2234	148	0.1946	2769	2917	96
3.9849-4.1949	0.2323	147	0.1805	2781	2928	98
4.1949-4.4575	0.1889	149	0.16	2805	2954	98
4.4575-4.8014	0.2072	147	0.1545	2822	2969	99
4.8014-5.2841	0.1568	141	0.1575	2876	3017	99
5.2841-6.0475	0.2584	155	0.1849	2855	3010	99
6.0475-7.6144	0.2427	143	0.1995	2854	2997	99
7.6144-48.4789	0.1998	145	0.1733	2854	2999	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2842	-0.1425	-0.1637	0.422	0.0137	3.7321	0.0032	0.0099	0.0072	-0.0531	0.0619	-0.1074	-0.6248	-0.0548	-0.0399	0.3284	-0.0701	0.0039	0.3585	0.0405	0.6395	61.2339	-29.1511	55.2326
2	2.0163	-0.6885	-0.3203	3.1778	-0.6838	3.7845	-0.1825	0.1962	0.3229	-0.3796	0.3194	0.2087	-1.4544	-1.1981	-0.019	1.4152	0.2245	-0.1329	1.0639	0.1004	0.615	47.2506	-23.1545	-14.7085
3	1.9971	-0.1999	1.3257	2.1432	0.8261	1.4147	-0.1982	0.3462	0.3617	-0.3608	0.1908	0.5233	-0.8972	-2.1013	0.0159	1.1512	0.3607	-0.149	2.0254	0.2081	0.7151	39.8516	-28.8868	-12.2563
4	1.0533	-0.0027	-0.6732	0.8134	1.7458	2.7706	0.1283	0.3164	0.311	-0.6605	-0.2014	-0.0265	-2.0439	-0.6777	0.2085	1.391	0.2926	-0.029	0.5434	0.1226	0.7351	50.701	-12.1768	21.6546
5	0.8627	-0.1208	-0.0254	0.2023	0.1434	3.2222	-0.0798	-0.1933	0.0301	0.1649	0.0034	-0.0851	-0.5076	0.0851	0.1032	0.485	-0.0976	-0.0498	0.3261	-0.0486	0.6377	64.6159	-30.964	80.3796
6	3.0958	0.9408	-1.7213	2.2096	0.3191	3.7566	-0.41	-0.5981	-0.0099	0.1447	0.3281	0.2568	0.4265	-0.2448	-0.0434	0.9699	0.1756	0.0334	0.842	0.2307	0.7971	63.8731	-54.9259	110.7369
7	0.0684	0.0974	0.4757	0.1797	-0.7031	5.6212	-0.0175	0.1128	-0.2144	-0.219	0.0097	0.0241	1.8162	0.5042	0.1309	0.7513	0.1538	0.0203	0.498	-0.0782	0.6769	61.0642	-45.9141	35.0869
8	2.7538	0.9501	0.2186	5.0899	-2.3402	2.7219	-0.1119	0.2821	0.334	-0.0903	-0.0747	0.0726	-0.41	0.3609	0.1843	0.6734	-0.0652	-0.0129	0.7186	0.0343	0.8033	74.7735	45.0554	61.5912
9	0.141	-0.0974	1.0792	0.7108	0.7782	4.5448	0.0721	-0.351	-0.094	0.5777	-0.0038	0.0869	1.5774	-1.6197	0.0034	1.0856	-0.3413	0.1339	1.0097	0.0718	0.6521	48.2562	23.0609	161.1665
10	0.8724	0.5635	1.4811	2.1116	0.8886	3.0645	0.0775	-0.6856	-0.6887	0.0827	-0.2951	-0.1404	2.6541	-1.6868	-0.058	2.6587	-0.6643	-0.0466	0.8786	0.09	0.5139	48.8463	8.5963	158.1544
11	0.2588	0.1009	0.2091	0.3726	0.0579	3.9483	-0.0614	-0.0659	-0.2726	0.0421	-0.1544	-0.1064	1.3409	-0.2167	0.2348	0.7526	0.0038	0.0083	0.2954	0.0011	0.6548	57.7371	17.1728	105.7332
12	6.8505	-0.9974	-0.0346	3.2692	-0.5195	3.0309	0.1673	1.1758	0.6482	-0.6491	-0.0779	-0.2537	-0.2934	0.477	0.0434	0.9892	-0.2427	0.0606	0.9197	0.2086	0.8764	72.8565	55.0097	49.8084
13	0.466	0.0705	-0.6641	0.0682	-0.7143	4.1004	-0.0939	-0.0164	0.1966	0.1968	-0.1199	0.0376	-1.2991	0.0746	0.1207	0.7769	-0.086	-0.0342	0.297	-0.028	0.7035	60.484	49.4685	103.3964

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 103 through 174 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 175 through 226 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 227 through 263 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 264 through 447 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 448 through 612 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 613 through 658 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 659 through 724 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 103 through 130 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 131 through 294 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 295 through 355 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 356 through 572 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 573 through 629 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 630 through 724 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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