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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kjw | ||||||
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タイトル | Structure of the CLC-ec1 deltaNC construct in 100mM fluoride and 20mM bromide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / membrane protein (膜タンパク質) / membrane transporter (膜輸送体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å | ||||||
データ登録者 | Lim, H.-H. / Miller, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: Fluoride-dependent interruption of the transport cycle of a CLC Cl(-)/H(+) antiporter. 著者: Lim, H.H. / Stockbridge, R.B. / Miller, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kjw.cif.gz | 330.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kjw.ent.gz | 269.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kjw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/4kjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/4kjw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47618.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0155, clcA, eriC, JW5012, yadQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019 #2: 抗体 | 分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.95 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 25% PEG400, 100mM Na/K tartrate, 100mM Glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.919 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.03→40 Å / Num. all: 108501 / Num. obs: 108408 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.101 |
反射 シェル | 解像度: 3.03→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.612 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ENE 解像度: 3.03→39.485 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.03→39.485 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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