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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k89 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa strain K solvent tolerant elastase | ||||||
要素 | Organic solvent tolerant elastase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Calcium binding / Zinc binding / Phosphate Binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å | ||||||
データ登録者 | Ali, M.S.M. / Said, Z.S.A.M. / Rahman, R.N.Z.R.A. / Basri, M. / Salleh, A.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure analysia of solvent tolerant elastase strain K 著者: Ali, M.S.M. / Said, Z.S.A.M. / Rahman, R.N.Z.R.A. / Basri, M. / Salleh, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k89.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k89.ent.gz | 56.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k89.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4k89_validation.pdf.gz | 460.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4k89_full_validation.pdf.gz | 466.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4k89_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4k89_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k89 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33145.504 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 198-498 / 変異: G313D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K / 遺伝子: HindIII1500PstI / プラスミド: pCON2(3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: A7LI11 |
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-非ポリマー , 5種, 195分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: seeding-capillary counter diffusion / pH: 8.7 詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH5.6, 1.0M Ammonium phosphate monobasic, pH 8.7, seeding-capillary counter diffusion, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日 |
放射 | モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→50 Å / Num. all: 385687 / Num. obs: 385687 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 33.358 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.41 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→45.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.941 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→45.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.391→1.427 Å / Total num. of bins used: 20
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