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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jbf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum DSM 20469. | ||||||
要素 | Peptidoglycan glycosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI (脳震盪) / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / penicillin binding / regulation of cell shape / 細胞分裂 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Atopobium parvulum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. ...Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum DSM 20469. 著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural ...著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jbf.cif.gz | 170.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jbf.ent.gz | 139.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jbf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/4jbf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50648.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 505-954 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atopobium parvulum (バクテリア) / 株: DSM 20469 / 遺伝子: Apar_1344 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C8W8H7, peptidoglycan glycosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Ammonium Chloride, 0.1 M HEPES pH 7, 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→30 Å / Num. all: 77602 / Num. obs: 77602 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.349 / SU ML: 0.095 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.439 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.916→1.966 Å / Total num. of bins used: 20
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