+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j6j | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of calcium2+-free wild-type CD23 lectin domain (crystal form A) | ||||||
要素 | Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin fold lectin / antibody receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 low-affinity IgE receptor activity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / マクロファージ / IgE binding / positive regulation of killing of cells of another organism / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / Interleukin-10 signaling ...low-affinity IgE receptor activity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / マクロファージ / IgE binding / positive regulation of killing of cells of another organism / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / Interleukin-10 signaling / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / integrin binding / carbohydrate binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 免疫応答 / external side of plasma membrane / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Dhaliwal, B. / Yahya, N. / Sutton, B.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2013 タイトル: Conformational plasticity at the IgE-binding site of the B-cell receptor CD23. 著者: Dhaliwal, B. / Pang, M.O. / Yuan, D. / Yahya, N. / Fabiane, S.M. / McDonnell, J.M. / Gould, H.J. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4j6j.cif.gz | 232.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4j6j.ent.gz | 187.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4j6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/4j6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/4j6j | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16164.986 Da / 分子数: 4 断片: Soluble head domain of the B-cell receptor CD23 (UNP Residues 156-298) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD23A, CLEC4J, FCE2, FCER2, IGEBF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06734 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 16 % (w/v) PEG 6,000, 2 % (v/v) 1,6-hexanediol, 0.05 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→57.96 Å / Num. all: 50712 / Num. obs: 48544 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Limit h max: 27 / Limit h min: -27 / Limit k max: 29 / Limit k min: -27 / Limit l max: 32 / Limit l min: 0 |
反射 シェル | % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4G96 解像度: 1.9→15.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9485 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9344 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 224.75 Å2 / Biso mean: 40.9941 Å2 / Biso min: 13.41 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.268 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15.57 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|