PDB-4iw3: Crystal structure of a Pseudomonas putida prolyl-4-hydroxylase (P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iw3

タイトル

Crystal structure of a Pseudomonas putida prolyl-4-hydroxylase (P4H) in complex with elongation factor Tu (EF-Tu)

要素

Elongation factor Tu-A
Putative uncharacterized protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN/TRANSLATION / 2-oxoglutarate oxygenase / oxygen sensing / protein synthesis regulation / double-stranded beta helix / jellyroll fold / prolyl-4-hydroxylase /

translation (翻訳 (生物学)) / METAL BINDING PROTEIN-TRANSLATION complex

機能・相同性

機能・相同性情報

L-ascorbic acid binding /

guanosine tetraphosphate binding /

dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

translation elongation factor activity / iron ion binding /

GTPase activity / GTP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.697 Å

データ登録者

Scotti, J.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Human oxygen sensing may have origins in prokaryotic elongation factor Tu prolyl-hydroxylation
著者: Scotti, J.S. / Leung, I.K.H. / Ge, W. / Bentley, M.A. / Paps, J. / Kramer, H.B. / Lee, J. / Aik, W. / Choi, H. / Paulsen, S.M. / Bowman, L.A.H. / Loik, N.D. / Horita, S. / Ho, C.H. / Kershaw, ...

履歴

登録	2013年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月5日	Group: Other
改定 1.2	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.3	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / struct_ref_seq_dif Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iw3.cif.gz	469.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iw3.ent.gz	381.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/4iw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/4iw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j0qC 4j25SC 1dg1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r4k-1 5ggy-d 6ae6-2 6mbj-2 3osr-1 3osr-2 6ox2-2 6ox4-1 6mbk-1 3hgq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (13) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (6) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (13) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (13) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (13)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (6)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (13)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (13)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (6)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Elongation factor Tu-A

K: Elongation factor Tu-A

J: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein

B: Elongation factor Tu-A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
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2

K: Elongation factor Tu-A

J: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.704, 200.704, 74.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AJBK

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Prolyl-4-hydroxylase 分子量: 25640.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 株: KT2440 / 遺伝子: PP_5159 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88CM1
#2: タンパク質	Elongation factor Tu-A / EF-Tu-A 分子量: 47378.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 株: KT2440 / 遺伝子: PP_0440, tuf-1, tufA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88QP8

-
非ポリマー , 5種, 174分子

#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン / N-Oxalylglycine 分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.71 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8mM MnCl2, 0.9mM OGA, 1mM GDP, 0.1M MgCl2, 22% polyacrylate 5100, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月23日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.697→29.558 Å / Num. obs: 47788 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 74.727 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.37

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.013 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge F obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.7-2.86	0.446	1.7	63052	14961	14842	1.437	99.2
2.86-3.05	0.751	2.46	66904	13992	13990	0.723	100
3.05-3.3	0.933	4.78	63000	13106	13106	0.359	100
3.3-3.61	0.983	9.98	57467	11966	11966	0.17	100
3.61-4.02	0.993	16.5	51938	10903	10903	0.098	100
4.02-4.63	0.997	25.12	45481	9698	9695	0.061	100
4.63-5.64	0.997	28.52	36912	8134	8125	0.055	99.9
5.64-7.83	0.998	31.68	30835	6378	6377	0.046	100
7.83-29.558	0.999	39.98	17726	3805	3729	0.031	98

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.7 Å	29.56 Å
Translation	2.7 Å	29.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
GDA		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DG1, 4J25

1dg1

4j25

解像度: 2.697→29.558 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8207 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2181	2419	5.06 %	Random
R_work	0.1679	-	-	-
obs	0.1705	47788	99.95 %	-
all	-	47794	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.08 Å² / B_iso mean: 60.1937 Å² / B_iso min: 14.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.697→29.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8724	0	80	166	8970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8993
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.215	12257
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.088	3231

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.6972-2.7523	0.3529	144	0.2937	2620	2764	2764	99
2.7523-2.8121	0.3299	157	0.2814	2641	2798	2798	100
2.8121-2.8774	0.3243	126	0.2575	2654	2780	2780	100
2.8774-2.9493	0.2983	140	0.2407	2651	2791	2791	100
2.9493-3.029	0.3229	145	0.2276	2633	2778	2778	100
3.029-3.118	0.2758	151	0.2132	2682	2833	2833	100
3.118-3.2185	0.2836	119	0.1988	2635	2754	2754	100
3.2185-3.3334	0.2547	123	0.1976	2681	2804	2804	100
3.3334-3.4667	0.2573	125	0.1879	2677	2802	2802	100
3.4667-3.6242	0.2253	137	0.1774	2678	2815	2815	100
3.6242-3.8149	0.2317	152	0.1717	2634	2786	2786	100
3.8149-4.0534	0.2419	149	0.1574	2668	2817	2817	100
4.0534-4.3654	0.1915	156	0.1384	2672	2828	2828	100
4.3654-4.803	0.1415	149	0.1193	2663	2812	2812	100
4.803-5.4942	0.1897	154	0.1334	2684	2838	2838	100
5.4942-6.9075	0.1927	152	0.1641	2710	2862	2862	100
6.9075-29.5598	0.2029	140	0.1625	2786	2926	2926	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4895	-0.5902	-0.2284	4.5345	-2.1832	3.2985	-0.5241	-0.3181	-0.5277	1.115	0.7206	0.6091	0.2639	-0.674	-0.2711	0.5508	0.0859	0.1055	0.2363	0.0067	0.3479	-67.9216	19.8291	1.3872
2	4.0057	1.1529	0.5358	5.5635	-1.1985	4.4159	-0.4116	0.2881	-0.406	-0.1708	0.0029	-1.0848	0.5876	1.1179	0.1539	0.3026	0.1895	0.0103	0.6174	-0.1105	0.5056	-48.3534	22.3468	-2.0694
3	9.0797	-4.8292	6.2888	9.5135	-6.015	5.9801	0.3534	0.151	-1.0163	-0.0929	0.5672	0.5076	0.9127	-0.2078	-0.7209	0.4567	-0.1108	0.1226	0.2837	-0.0722	0.3599	-68.351	14.4518	-7.9424
4	2.0793	-0.1166	1.106	3.7481	1.25	4.1729	-0.2287	0.0039	-0.0639	0.2388	0.3926	-0.1527	-0.1156	0.3072	-0.0628	0.2196	0.0166	0.0559	0.2173	0.043	0.1925	-61.4706	29.2678	-1.6894
5	2.53	-0.0575	0.4227	4.8826	1.4743	4.7312	-0.2349	0.1664	-0.2248	0.1475	0.5023	-0.4038	0.8242	1.3237	-0.3087	0.1503	0.0416	0.0726	0.2612	-0.0331	0.3393	-57.8488	23.6865	-5.1731
6	2.1954	0.6824	-1.3616	0.5084	0.3677	3.003	0.1058	0.2914	0.5493	-0.3559	0.2783	-0.701	-0.141	0.0519	-0.2289	0.4285	-0.0893	0.2426	0.4793	0.0205	0.9404	-37.7571	31.8386	-26.5654
7	4.8028	1.3422	-0.7717	1.4582	0.3887	1.5856	0.0041	0.9003	-0.2747	-0.7694	0.2703	-0.9667	-0.1008	0.5704	0.0323	0.6568	-0.1116	0.4328	0.7352	-0.0899	0.9451	-33.9512	29.8463	-39.7957
8	2.9087	0.1464	-1.2357	4.0461	0.4721	3.4647	0.0191	0.434	-1.2184	-0.4045	-0.0902	0.0893	0.4216	-0.0873	0.0605	0.4885	-0.1186	-0.0068	0.198	-0.1609	0.616	-59.2812	13.6967	-31.3935
9	1.7247	2.6091	1.5957	3.4119	2.3024	2.5538	0.2651	0.4407	-0.0082	-0.0768	0.1646	-0.6299	-0.2402	0.2395	-0.4764	0.5347	-0.0389	0.1669	0.5635	0.1477	0.6945	-56.2102	75.1615	25.0366
10	7.5802	3.36	-1.3283	3.7454	-1.8147	5.1639	0.1482	-0.771	1.758	0.3091	-0.0566	-0.3708	-0.6418	0.2249	-0.0994	0.7283	-0.1122	0.1223	0.3965	0.1627	0.9893	-51.8175	90.5192	33.9138
11	3.0491	2.5584	-2.086	4.8726	-1.3791	2.0265	0.4485	0.3176	0.0372	0.3097	-0.1412	-0.97	-0.6776	0.5502	-0.2233	0.547	-0.0887	0.0743	0.7418	0.1002	0.8081	-46.5785	76.4847	30.5234
12	3.4978	-1.2674	0.1098	6.4375	-0.7149	1.769	-0.0129	-0.1381	0.4698	0.6236	0.1082	-0.2288	-0.1301	0.1597	-0.0775	0.4525	0.0035	0.0622	0.2362	0.0016	0.2455	-73.186	65.3625	44.2104
13	9.749	1.0521	2.6239	3.5768	1.0202	3.5319	0.4039	0.3123	-0.9666	0.7567	-0.4129	0.0236	0.5543	-0.3354	-0.0371	0.4261	0.062	0.0678	0.2695	0.0317	0.2659	-76.5976	38.7324	24.2018
14	5.7778	1.0757	-0.1934	3.1762	2.0508	1.4849	-0.0882	1.1548	0.2976	-0.933	-0.2993	0.9642	-0.6753	-0.8688	-0.1546	0.5494	0.3464	-0.1366	0.7854	0.0575	0.4608	-90.8132	51.4159	10.6579
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17	7.6941	-1.5147	1.8811	3.984	0.6998	2.036	-0.154	-0.5679	0.2775	0.3343	-0.3838	0.3099	0.0267	-0.8418	0.259	0.3289	0.0902	0.1553	0.4097	-0.127	0.3427	-82.5326	48.3856	28.8384
18	2.9	-2.4602	3.8386	2.8916	-3.8043	5.4097	0.1533	-0.117	-0.0609	0.1659	0.3718	0.3803	-1.5456	-0.4464	-0.2021	0.5498	0.1051	0.0764	0.314	0.0761	0.3552	-77.6399	54.4143	22.5033
19	4.3098	1.3752	2.516	2.8947	1.4372	6.8981	-0.1396	0.2109	-0.169	-0.4727	0.1701	-0.0885	-0.8459	0.0425	0.0311	0.3675	0.0998	0.1183	0.2233	0.0696	0.2511	-72.4245	50.8977	12.4443
20	7.4156	0.4594	-2.7578	2.562	0.814	2.6748	0.0071	0.1699	-0.119	0.2535	0.1097	-0.1132	-0.039	0.3729	-0.099	0.3477	0.0965	0.0142	0.3913	0.025	0.1687	-68.4636	41.7318	12.2085
21	1.5732	-0.859	-0.5941	3.0906	-0.3138	1.5794	0.2618	0.1869	0.683	-0.147	0.2801	-0.1377	-1.2319	0.4328	0.08	0.4952	0.1094	0.0899	0.2385	0.1461	0.1554	-72.579	52.7284	18.4723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 7:47 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 48:80 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 81:101 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 102:185 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 186:207 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 10:94 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 95:219 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 220:397 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN K AND (RESID 10:100 )	K
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN K AND (RESID 101:169 )	K
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN K AND (RESID 170:219 )	K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN K AND (RESID 220:397 )	K
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN J AND (RESID 7:30 )	J
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN J AND (RESID 31:46 )	J
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN J AND (RESID 47:57 )	J
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN J AND (RESID 58:82 )	J
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN J AND (RESID 83:101 )	J
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN J AND (RESID 102:115 )	J
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN J AND (RESID 116:153 )	J
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN J AND (RESID 154:172 )	J
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN J AND (RESID 173:207 )	J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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