PDB-4iky: Crystal structure of peptide transporter POT (E310Q mutant) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iky

タイトル

Crystal structure of peptide transporter POT (E310Q mutant) in complex with sulfate

要素

Di-tripeptide ABC transporter (Permease)

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

major facilitator superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Doki, S. / Kato, H.E. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for dynamic mechanism of proton-coupled symport by the peptide transporter POT.
著者: Doki, S. / Kato, H.E. / Solcan, N. / Iwaki, M. / Koyama, M. / Hattori, M. / Iwase, N. / Tsukazaki, T. / Sugita, Y. / Kandori, H. / Newstead, S. / Ishitani, R. / Nureki, O.

履歴

登録	2012年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iky.cif.gz	197.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iky.ent.gz	161.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/4iky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/4iky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ikvC 4ikwC 4ikxC 4ikzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ikz-d 4ikx-d 4xni-d 6exs-d 4ikw-d 4ikv-d 6hzp-d 5oxo-d 4kle-d 6ctr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (4) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (3) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (2) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (4)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (3)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (3)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (2)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (2)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (2)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Di-tripeptide ABC transporter (Permease)

ヘテロ分子

57.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.637, 93.536, 57.507
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.380, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Di-tripeptide ABC transporter (Permease) 分子量: 54765.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: BD53 / 遺伝子: GK2020 / プラスミド: pCGFP-BC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)delta-acrB / 参照: UniProt: Q5KYD1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM STRAIN BD53 OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM STRAIN BD53 OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN THE UNIPROT DATABASE. THE SEQUENCE CONSTRUCT IS THE SAME AS Q5KYD1_GEOKA. C-TERMINAL RESIDUES LESSGENLYFQ ARE EXPRESSION TAGS. RESIDUE 310 (E310Q) IS ENGINEERED MUTATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.54 % / Mosaicity: 0.353 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 詳細: 40% PEG 400, 100mM ADA-NaOH, 200mM Li2SO4, pH 6.5, lipidic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月16日

放射

モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 27920 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 2.247 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	2	0.295	1243	1.24	1	85.3
2.14-2.18	2	0.283	1311	1.337	1	87
2.18-2.22	2.1	0.278	1307	1.459	1	88.9
2.22-2.26	2.2	0.257	1335	1.38	1	90.3
2.26-2.31	2.2	0.251	1304	1.614	1	88.3
2.31-2.37	2.2	0.241	1376	1.597	1	90.8
2.37-2.42	2.3	0.218	1369	1.648	1	92.9
2.42-2.49	2.4	0.202	1383	1.808	1	92.2
2.49-2.56	2.5	0.183	1373	1.784	1	94.1
2.56-2.65	2.6	0.168	1415	1.859	1	94.9
2.65-2.74	2.6	0.159	1435	1.971	1	95.2
2.74-2.85	2.7	0.14	1409	2.031	1	95.7
2.85-2.98	2.8	0.129	1435	2.153	1	96.9
2.98-3.14	2.9	0.12	1452	2.316	1	97.3
3.14-3.33	3.1	0.102	1456	2.509	1	97.5
3.33-3.59	3.2	0.086	1483	2.646	1	98.3
3.59-3.95	3.3	0.077	1472	3.221	1	99.1
3.95-4.52	3.1	0.069	1307	3.672	1	87.2
4.52-5.7	3.4	0.058	1298	2.777	1	85.4
5.7-50	3.5	0.052	1510	2.485	1	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→32.639 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2485	1421	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2138	-	-	-
obs	0.2155	27920	92.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.73 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.59 Å² / B_iso mean: 42.3263 Å² / B_iso min: 16.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	17.8106 Å²	-0 Å²	-2.4927 Å²
2-	-	-3.3734 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-14.4373 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.639 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3688	0	135	89	3912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3907
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.733	5298
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	607
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.068	1353

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.175	0.3467	147	0.335	2429	2576	86
2.175-2.2621	0.3622	122	0.2987	2538	2660	89
2.2621-2.365	0.3113	135	0.2715	2568	2703	90
2.365-2.4897	0.2783	138	0.2416	2655	2793	92
2.4897-2.6456	0.2625	141	0.212	2672	2813	94
2.6456-2.8498	0.2271	162	0.1977	2691	2853	95
2.8498-3.1363	0.2225	142	0.1974	2784	2926	97
3.1363-3.5897	0.2222	150	0.1891	2803	2953	98
3.5897-4.5207	0.2053	142	0.1851	2674	2816	93
4.5207-32.6425	0.2556	142	0.2056	2685	2827	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7654	-0.2348	0.369	0.9116	-0.1651	0.2744	-0.1469	-0.2815	0.0147	0.2117	0.2302	0.0051	0.1416	0.2708	-0.0001	0.2889	0.082	-0.0049	0.2458	-0.0216	0.2419	11.9216	11.2829	10.0549
2	0.5135	0.4097	-0.2554	0.7131	-0.1358	0.1631	-0.1184	-0.0336	-0.0913	-0.1057	-0.0606	-0.0637	0.1823	-0.066	0	0.3836	0.0618	-0.0126	0.2286	-0.0329	0.2347	25.5547	4.8396	-4.0803
3	1.0643	-0.5943	0.1962	0.6976	-0.3788	0.2693	-0.1704	-0.1347	0.0783	0.0118	0.0919	-0.168	0.1244	-0.0886	0	0.2579	0.0155	-0.0178	0.1836	-0.036	0.245	20.9448	13.7969	7.1568
4	1.7389	-0.2831	-0.2895	0.929	-0.1239	0.1056	-0.1385	-0.0799	0.1138	0.0919	0.0346	0.0843	-0.1231	-0.0369	-0.0037	0.2017	0.0711	0.0263	0.2233	-0.0179	0.2257	9.8105	11.6281	3.6083
5	0.2601	0.0725	0.1314	1.1295	-0.2013	0.0279	-0.3912	0.3531	-0.2813	0.0533	0.0225	-0.2736	-0.1083	0.056	-0.0141	0.3026	-0.2024	0.0307	0.7063	-0.0706	0.3481	38.1446	15.0904	10.7999
6	0.906	-0.4536	0.0776	2.3118	1.0061	0.5417	0.6653	0.3517	0.3291	-1.4842	0.3078	-0.8367	-0.7062	1.0104	0.6727	-0.5266	-0.1648	-0.2354	0.4546	0.0371	0.2093	37.8941	-3.6982	3.3243
7	0.3639	0.4365	0.1926	0.3367	0.2649	0.0812	-0.0637	-0.1632	-0.0587	0.2275	0.0917	-0.0054	-0.2448	-0.3422	-0.0001	0.2225	0.0108	-0.0056	0.206	-0.0164	0.2046	28.3883	-11.8212	12.9025
8	0.6913	-0.0916	-0.0747	0.6847	0.3596	0.2134	-0.1078	0.0731	-0.1308	-0.065	-0.0521	0.2686	-0.1632	-0.3392	-0.0766	0.1206	0.0181	0.0198	0.2455	-0.0194	0.2509	6.8245	-7.5102	-2.4563
9	0.8287	-0.3964	0.0921	1.8588	-0.5502	0.6281	0.008	-0.0096	-0.0854	0.0077	-0.0536	0.0292	-0.0097	0.0142	0	0.1833	-0.0069	0.0091	0.2113	-0.0008	0.2224	18.4797	-11.8666	2.0532
10	0.805	-0.0312	-0.2176	0.5981	0.1135	0.0842	-0.1541	-0.1393	-0.0622	0.2506	-0.0884	-0.0086	-0.2912	-0.2922	-0	0.2544	-0.0013	-0.0175	0.1991	-0.001	0.2365	22.8494	-20.8052	6.1697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:51)	A	2 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 52:90)	A	52 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 91:152)	A	91 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 153:210)	A	153 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 211:251)	A	211 - 251
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 252:280)	A	252 - 280
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 281:313)	A	281 - 313
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 314:363)	A	314 - 363
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 364:462)	A	364 - 462
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 463:494)	A	463 - 494

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)