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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i7n | ||||||
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タイトル | T4 Lysozyme L99A/M102H with 1-phenyl-2-propyn-1-ol bound | ||||||
要素 | Lysozymeリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Merski, M. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition. 著者: Merski, M. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i7n.cif.gz | 163.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i7n.ent.gz | 127.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i7n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21404.426 Da / 分子数: 2 / 変異: T21C, S38D, L99A, M102H, E108V, S117V, T142C, N144D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: E / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム |
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-非ポリマー , 6種, 318分子
#2: 化合物 | ChemComp-BME / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-HED / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 30% (w/v) PEG-6000, 0.3 M LiSO4, 3% (w/v) TMAO, 50 mM 2-mercaptoethanol, 50 mM 2-hydroxyethyl disulfide, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: two flat Si(111) crystals, mounted in a model DCM from Khozu プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.58→48.555 Å / Num. obs: 50324 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.265 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 13.58 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.58→48.555 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8902 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.489 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.42 Å2 / Biso mean: 16.1224 Å2 / Biso min: 3.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→48.555 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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