PDB-4i5o: Crystal Structure of W-W-R ClpX Hexamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i5o

タイトル

Crystal Structure of W-W-R ClpX Hexamer

要素

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

キーワード

MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) /

ATPase (ATPアーゼ) /

hexameric (オリゴマー)

機能・相同性

機能・相同性情報

変性 /

HslUV protease complex /

endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding /

protease binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.4787 Å

データ登録者

Glynn, S.E. / Nager, A.R. / Stinson, B.S. / Schmitz, K.R. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Nucleotide Binding and Conformational Switching in the Hexameric Ring of a AAA+ Machine.
著者: Stinson, B.M. / Nager, A.R. / Glynn, S.E. / Schmitz, K.R. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.

履歴

登録	2012年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Refinement description
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i5o.cif.gz	723.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i5o.ent.gz	611 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i34C 4i4lC 4i63C 4i81C 4i9kC 3hwsS 3hte S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i63-d 3hte-d 4i34-d 4i81-d 4i4l-d 5wcb-d 3zuh-d 8549 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

D: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

E: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

F: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.199, 199.878, 222.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX 分子量: 39435.793 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0438, clpX, JW0428, lopC / プラスミド: pACYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: P0A6H1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium bromide, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 4.4787→50 Å / Num. all: 14285 / Num. obs: 14285 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
4.4787-4.66	3.2	0.278	1	80.4
4.66-4.85	3.4	0.25	1	84.2
4.85-5.07	3.5	0.231	1	84.7
5.07-5.33	3.6	0.248	1	90.2
5.33-5.67	4	0.239	1	95.7
5.67-6.11	4.4	0.216	1	97.9
6.11-6.72	4.7	0.162	1	97
6.72-7.69	4.6	0.096	1	98.4
7.69-9.67	4.5	0.056	1	96.6
9.67-50	4.2	0.041	1	95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HWS

3hws

解像度: 4.4787→48.319 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.75 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3233	714	5.01 %
R_work	0.2861	-	-
obs	0.2879	14249	91.48 %
all	-	14250	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 172.286 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	57.9429 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-33.135 Å²	0 Å²
3-	-	-	-24.808 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.4787→48.319 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13950	0	30	0	13980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14126
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.452	19141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.15	5094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	2336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.4787-4.8242	0.3617	146	0.3228	2255	X-RAY DIFFRACTION	79
4.8242-5.3092	0.4006	124	0.3291	2538	X-RAY DIFFRACTION	87
5.3092-6.0762	0.419	160	0.3558	2823	X-RAY DIFFRACTION	97
6.0762-7.6504	0.3358	145	0.3163	2893	X-RAY DIFFRACTION	98
7.6504-48.3215	0.2385	139	0.2234	3026	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5102	-0.5646	-2.4002	8.0026	-0.8514	5.3625	-0.2575	0.2391	0.0254	-0.068	-0.018	-0.5963	-0.6816	-0.2965	0.141	2.2213	-0.1606	-0.1512	2.0408	-0.1877	2.1249	-2.6962	-98.7624	-50.7648
2	7.0093	-0.7345	-4.0665	4.599	0.1045	8.9489	0.3114	0.5474	0.0223	-0.8512	-0.3166	0.3471	0.5544	-0.6345	-0.188	2.374	-0.4169	0.061	2.0935	-0.0284	2.3502	5.3286	-71.2993	-35.4298
3	8.7774	-0.1893	-0.6799	9.7067	-0.077	9.1465	0.1092	-0.4994	-0.6672	-0.9381	-0.2921	0.0314	1.2975	0.1591	0.1442	1.934	0.1593	0.0269	1.8347	0.1012	1.5209	22.4036	-49.2281	-50.3961
4	4.2185	2.5713	3.5383	7.838	-0.6094	6.7234	-0.1466	-1.5568	-0.1954	-0.1324	-0.0472	0.602	0.3264	-0.95	0.092	1.7631	-0.3376	0.1752	2.4421	-0.0959	1.7977	14.0336	-53.7922	-82.7102
5	6.3505	-1.6977	-1.2421	7.7712	-2.538	4.8899	-0.3139	-0.6505	-0.4865	0.024	0.1035	0.0813	-0.2031	0.3076	0.0526	2.0794	-0.0692	-0.003	1.8934	0.2829	2.2083	3.3852	-79.8623	-98.1846
6	9.072	-1.5358	1.3486	9.0139	1.8973	6.2601	-0.3798	1.0435	0.1425	-0.1597	0.3302	-0.273	-0.5905	0.4946	0.1511	2.1138	-0.2445	-0.151	2.316	0.4155	1.8448	-5.8788	-109.6929	-87.0911
7	2.6769	2.7908	0.4848	8.8256	1.5512	5.9825	0.4788	-0.9366	0.2464	-0.2677	-0.4672	1.3869	0.5495	0.2384	-0.0277	2.2132	-0.2673	0.0106	2.2253	0.016	2.3105	-0.8612	-85.575	-18.7626
8	4.1624	1.2357	1.2832	9.2593	-1.9664	4.6883	0.2194	0.7458	0.3224	0.1321	-0.4017	-0.0468	0.3215	-0.7676	0.1287	1.9316	-0.0081	0.2005	2.2909	-0.0959	1.9198	14.2087	-39.0038	-30.0959
9	8.2195	-2.1822	-1.6809	0.5403	-0.6484	6.7869	-0.3673	-0.169	0.448	-0.1505	0.5457	0.1143	-0.6279	0.1519	-0.1474	2.1431	0.0412	-0.0525	1.6363	-0.2213	1.9254	27.7939	-35.8982	-78.1193
10	3.7556	-0.3073	0.2363	7.4916	-1.2439	8.4873	0.2647	0.6705	-0.1345	0.0111	-0.145	0.5093	-0.1809	0.8364	-0.1111	1.7379	0.1664	-0.0491	2.3491	-0.0502	1.7498	7.1565	-63.2577	-115.1699
11	3.9791	1.9556	0.8804	1.0725	-0.2295	7.5279	0.3511	0.1031	-0.5745	-0.2643	0.0313	0.2139	-0.6764	0.2496	-0.1043	2.1496	0.3127	-0.2189	2.2372	0.3233	2.0406	-22.6949	-101.6101	-103.8573
12	4.2802	0.7086	1.8967	7.3711	0.8866	8.061	-0.7039	0.0203	-0.3029	0.138	0.4556	0.5104	0.1313	-0.2674	0.2789	1.9475	0.0313	0.1494	2.0377	0.0158	2.3539	-8.5746	-119.5863	-55.8623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 63:318 or resid 501)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and (resid 63:318 or resid 501)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and (resid 63:318 or resid 501)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and (resid 63:318 or resid 501)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E and (resid 63:318 or resid 501)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F and (resid 63:318 or resid 501)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 319:413
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 319:413
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 319:412
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and resid 319:413
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain E and resid 319:413
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain F and resid 319:413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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