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万見
- PDB-4i3j: Structures of PR1 intermediate of photoactive yellow protein E46Q... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i3j
タイトルStructures of PR1 intermediate of photoactive yellow protein E46Q mutant from time-resolved laue crystallography collected AT 14ID APS
要素Photoactive yellow protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / PHOTORECEPTOR / CHROMOPHORE (発色団) / PHOTORECEPTOR PROTEIN / RECEPTOR (受容体) / SENSORY TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Β-ラクタマーゼ / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jung, Y.O. / Lee, J.H. / Kim, J. / Schmidt, M. / Vukica, S. / Moffat, K. / Ihee, H.
引用ジャーナル: NAT.CHEM. / 年: 2013
タイトル: Volume-conserving trans-cis isomerization pathways in photoactive yellow protein visualized by picosecond X-ray crystallography
著者: Jung, Y.O. / Lee, J.H. / Kim, J. / Schmidt, M. / Moffat, K. / Srajer, V. / Ihee, H.
履歴
登録2012年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct / struct_conn / Item: _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0522
ポリマ－13,8881
非ポリマー1641
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.833, 66.833, 40.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / / PYP


分子量: 13887.591 Da / 分子数: 1 / 変異: E46Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
遺伝子: pyp / プラスミド: PQE80 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / 4-ヒドロキシけい皮酸 / P-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.6M AMMONIUM SULFATE, 50MM SODIUM PHOSPHATE, pH 7.0, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.96-1.30
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961
21.31
反射解像度: 1.6→28.9 Å / Num. obs: 14623

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
LaueViewデータスケーリング
LaueViewデータ削減
XFITデータ削減
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→10 Å / Num. parameters: 3952 / Num. restraintsaints: 4039 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE REGARDING TO PDB FILE WAS BACK FOURIER-TRANSFORMED AND WAS EXTRAPOLATED FROM THE TIME-INDEPENDENT DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAP. THIS MAP WAS GENERATED USING ...詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE REGARDING TO PDB FILE WAS BACK FOURIER-TRANSFORMED AND WAS EXTRAPOLATED FROM THE TIME-INDEPENDENT DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAP. THIS MAP WAS GENERATED USING KINETIC ANALYSIS BASED ON SEVERAL EXPERIMENTAL TIME-DEPENDENT DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAPS.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.321 671 RANDOM
Rwork0.268 --
all0.272 14623 -
obs0.271 13810 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso max: 76.87 Å2 / Biso mean: 21.5048 Å2 / Biso min: 5.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 11 0 987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.081
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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