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- PDB-4hvk: Crystal structure and functional studies of an unusual L-cysteine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hvk
タイトルCrystal structure and functional studies of an unusual L-cysteine desulfurase from Archaeoglobus fulgidus.
要素Probable cysteine desulfurase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Transferase and IscS
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / [2Fe-2S] cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cysteine desulfurase IscS 2
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Yamanaka, Y. / Zeppieri, L. / Nicolet, Y. / Marinoni, E.N. / de Oliveira, J.S. / Masafumi, O. / Dean, D.R. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2013
タイトル: Crystal structure and functional studies of an unusual L-cysteine desulfurase from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Yamanaka, Y. / Zeppieri, L. / Nicolet, Y. / Marinoni, E.N. / de Oliveira, J.S. / Odaka, M. / Dean, D.R. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2012年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable cysteine desulfurase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,19515
ポリマ－41,8891
非ポリマー2,30614
水6,828379
1
A: Probable cysteine desulfurase 2
ヘテロ分子

A: Probable cysteine desulfurase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,38930
ポリマ－83,7772
非ポリマー4,61228
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area11750 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.060, 99.270, 108.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable cysteine desulfurase 2


分子量: 41888.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF0564, AF_0564, iscS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O29689, cysteine desulfurase

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非ポリマー , 5種, 393分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE CORRECTNESS OF THE SIDE CHAIN COULD BE DETERMINED BY INSPECTING THE ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM Calcium acetate; 100 mM Sodium cacodylate; 40% PEG 300 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→57 Å / Num. all: 70218 / Num. obs: 70218 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.43→1.47 Å / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.43→57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.752 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15067 3477 5 %RANDOM
Rwork0.1083 ---
all0.1104 70218 --
obs0.11042 65502 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.134 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 101 379 3274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193253
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2251.994412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17235496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3935434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83124.855138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62415568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8061523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02613
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.99635470
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.553587
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.85555700
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 210 -
Rwork0.16 3923 -
obs--83.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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