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- PDB-4ht4: Molecular Basis of Vancomycin Resistance Transfer in Staphylococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ht4
タイトルMolecular Basis of Vancomycin Resistance Transfer in Staphylococcus aureus
要素
  • DNA (28-MER)
  • Nicking enzyme
キーワードHydrolase/DNA / vancomycin resistance plasmid / DNA relaxase / S. aureus / conjugative transfer / DNA hairpin (ステムループ) / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MobA/MobL protein / MobA/MobL family / BirA Bifunctional Protein; domain 2 - #30 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Nicking enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.907 Å
データ登録者Edwards, J.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of antibiotic multiresistance transfer in Staphylococcus aureus.
著者: Edwards, J.S. / Betts, L. / Frazier, M.L. / Pollet, R.M. / Kwong, S.M. / Walton, W.G. / Ballentine, W.K. / Huang, J.J. / Habibi, S. / Del Campo, M. / Meier, J.L. / Dervan, P.B. / Firth, N. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2012年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicking enzyme
B: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,12512
ポリマ－31,7102
非ポリマー41510
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.226, 63.226, 313.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nicking enzyme /


分子量: 23069.264 Da / 分子数: 1 / 変異: F25Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: nes, NES from pLW1043 / プラスミド: pCPD-lasso / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: Q53632
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8640.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oriT DNA hairpin

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非ポリマー , 4種, 29分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG 8,000, 120 mM calcium acetate, 80 mM sodium cacolydate, and 20% glycerol v/v , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH ANOMALOUS / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 20.3 % / Av σ(I) over netI: 47.95 / 数: 179546 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 2.15 / D res high: 2.9 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 8865 / % possible obs: 97.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.871009610.0676.45317.5
6.257.8799.210.0754.81520.3
5.466.2510010.0783.45521.1
4.965.4699.110.0793.00821.4
4.64.9699.610.0762.52921.8
4.334.610010.0772.20321.4
4.114.3399.310.0831.97222.1
3.944.1199.810.0841.87122.6
3.783.9499.410.1031.72622.1
3.653.7899.310.1271.66823
3.543.6599.510.1331.42422.9
3.443.5499.610.1371.24822.8
3.353.4499.510.1571.20323
3.273.3599.810.1791.13622.8
3.193.2799.510.2291.05921.5
3.123.1999.510.2141.02918.1
3.063.1299.610.2561.01316.4
33.0695.910.2111.04314.9
2.95388.110.261.02713.7
2.92.9579.710.2611.0213.2
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 8865 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 2.15 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.9-2.9513.20.2613451.02179.7
2.95-313.70.263851.027188.1
3-3.0614.90.2113971.043195.9
3.06-3.1216.40.2564461.013199.6
3.12-3.1918.10.2144341.029199.5
3.19-3.2721.50.2294241.059199.5
3.27-3.3522.80.1794431.136199.8
3.35-3.44230.1574291.203199.5
3.44-3.5422.80.1374461.248199.6
3.54-3.6522.90.1334381.424199.5
3.65-3.78230.1274361.668199.3
3.78-3.9422.10.1034591.726199.4
3.94-4.1122.60.0844281.871199.8
4.11-4.3322.10.0834451.972199.3
4.33-4.621.40.0774642.2031100
4.6-4.9621.80.0764602.529199.6
4.96-5.4621.40.0794623.008199.1
5.46-6.2521.10.0784773.4551100
6.25-7.8720.30.0755004.815199.2
7.87-10017.50.0675476.453196

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.907→48.509 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7129 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 412 4.7 %
Rwork0.2294 8351 -
obs0.2322 8763 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.36 Å2 / Biso mean: 75.774 Å2 / Biso min: 27.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.907→48.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1557 577 10 19 2163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7383157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.969860
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9074-3.3280.39471290.27432567269693
3.328-4.19260.33361280.23182768289699
4.1926-48.5160.24291550.216730163171100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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