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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h9i | ||||||
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タイトル | Radiation damage study of lysozyme - 1.05 MGy | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2002 Å | ||||||
データ登録者 | Sutton, K.A. / Snell, E.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies. 著者: Sutton, K.A. / Black, P.J. / Mercer, K.R. / Garman, E.F. / Owen, R.L. / Snell, E.H. / Bernhard, W.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h9i.cif.gz | 42.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h9i.ent.gz | 27.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h9i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/4h9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/4h9i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4h8xC 4h8yC 4h8zC 4h90C 4h91C 4h92C 4h93C 4h94C 4h9aC 4h9bC 4h9cC 4h9eC 4h9fC 4h9hC 6lyzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 7.5% sodium chloride, 100 mM sodium acetate pH 4.8, 25% ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月12日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 36843 / Num. obs: 36619 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4.7 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 11.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rsym value: 0.03 / Χ2: 1.139 / Net I/σ(I): 15.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 6LYZ 解像度: 1.2002→26.917 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8716 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.242 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 34.5 Å2 / Biso mean: 13.5568 Å2 / Biso min: 6.81 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.139 Å / Luzzati sigma a obs: 0.044 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2002→26.917 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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