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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h2n | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of MHPCO, Y270F mutant | |||||||||
要素 | 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FAD-binding motif / Oxygenase (酸素添加酵素) / FAD / 3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Rhizobium loti (根粒菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å | |||||||||
データ登録者 | Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kamitori, S. / Yagi, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase 著者: Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kamitori, S. / Yagi, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h2n.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h2n.ent.gz | 65.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/4h2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/4h2n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41782.488 Da / 分子数: 1 / 変異: Y270F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: mlr6788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q988D3, EC: 1.14.12.4 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18939 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 29.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 968 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3GMB 解像度: 2.302→37.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.71 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.96 Å2 / Biso mean: 33.5164 Å2 / Biso min: 17.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.302→37.978 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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