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- PDB-4h1t: X-RAY Structure of the Complex VchUPh with Phosphate ion at 1.92A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h1t
タイトルX-RAY Structure of the Complex VchUPh with Phosphate ion at 1.92A Resolution.
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / Nucleoside (ヌクレオシド) / Phosphorylation (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine phosphorylase / nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / nucleoside catabolic process / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
エタノール / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / リン酸塩 / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.924 Å
データ登録者Prokofev, I.I. / Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Sotnichenko, S.E. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-RAY Structure of the Complex VchUPh with Phosphate ion at 1.92A Resolution.
著者: Prokofev, I.I. / Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Sotnichenko, S.E. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2012年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,77999
ポリマ－162,6546
非ポリマー7,12593
水22,1581230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38340 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area46010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.691, 71.080, 87.937
Angle α, β, γ (deg.)69.620, 72.560, 85.740
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Biological Assembly is asymmetric unit cell.

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase /


分子量: 27108.994 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 遺伝子: udp / プラスミド: pMZ21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AM201 / 参照: UniProt: Q9K4U1, uridine phosphorylase

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非ポリマー , 9種, 1323分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール


分子量: 46.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Ammonium sulfate 0.5 M di-Sodium phosphate 0.5 M di-Potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.924→78.817 Å / Num. all: 102754 / Num. obs: 102754 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 10.747 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.92-2.033.70.111754208146470.11196.3
2.03-2.1540.089.756715142450.0898
2.15-2.33.80.05812.950230133260.05898
2.3-2.4840.05214.849459124190.05298.4
2.48-2.7240.04417.345574114490.04498.8
2.72-3.0440.03322.641484104260.03398.9
3.04-3.5140.023303666792160.02399.1
3.51-4.33.90.02132.92990177570.02199.3
4.3-6.0840.01933.42387760190.01999.6
6.08-29.3623.90.01636.71279632500.01698.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O6V

3o6v


解像度: 1.924→26.272 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.06 / FOM work R set: 0.8803 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 5129 5 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
all0.1812 103696 --
obs0.1791 102659 98.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.85 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 88.66 Å2 / Biso mean: 13.4436 Å2 / Biso min: 1.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0479 Å2-0.0825 Å2-0.0778 Å2
2---0.1072 Å20.0373 Å2
3---0.0593 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.924→26.272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11257 0 445 1230 12932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84316285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7614481
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9243-1.94620.28881470.23042977312491
1.9462-1.96910.25751800.20293217339798
1.9691-1.99310.26221690.18243301347097
1.9931-2.01830.2481700.17883209337998
2.0183-2.04480.20491770.16113262343997
2.0448-2.07280.20861810.15573177335898
2.0728-2.10240.25491630.16073289345298
2.1024-2.13380.21651760.16693242341898
2.1338-2.16710.18371700.15073204337499
2.1671-2.20260.21691580.19173299345798
2.2026-2.24060.50041730.42973265343897
2.2406-2.28130.26361700.19713206337699
2.2813-2.32520.20541640.16653213337798
2.3252-2.37260.20361760.16373347352398
2.3726-2.42420.21921680.15813235340398
2.4242-2.48050.21511650.15843273343898
2.4805-2.54250.22061710.16663276344799
2.5425-2.61120.21131460.17193287343399
2.6112-2.6880.23181820.17253223340599
2.688-2.77460.19351720.15943289346199
2.7746-2.87370.18911730.17043255342899
2.8737-2.98860.22661770.1783290346799
2.9886-3.12440.20451780.16633250342899
3.1244-3.28880.19161940.16373290348499
3.2888-3.49440.18511830.15733225340899
3.4944-3.76350.2031740.1783320349499
3.7635-4.14090.17131740.14533269344399
4.1409-4.73710.15171900.12743304349499
4.7371-5.95680.18561690.161432853454100
5.9568-26.27470.15471390.15753251339097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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