PDB-4gtr: FTase in complex with BMS analogue 13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gtr

タイトル

FTase in complex with BMS analogue 13

要素

Protein farnesyltransferase subunit betaFarnesyltransferase
Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein prenylation /

inhibitor (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex /

protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tubulin deacetylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Guo, Z. / Stigter, E.A. / Bon, R.S. / Waldmann, H. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Development of Selective, Potent RabGGTase Inhibitors
著者: Stigter, E.A. / Guo, Z. / Bon, R.S. / Wu, Y.W. / Choidas, A. / Wolf, A. / Menninger, S. / Waldmann, H. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S.

履歴

登録	2012年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gtr.cif.gz	324.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gtr.ent.gz	263 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gtr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gtr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gtr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gtmC 4gtoC 4gtpC 4gtqC 4gtsC 4gttC 4gtvC 3eu5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gtq-d 3ksl-d 3pz4-d 4gtp-d 1ft2-d 3eu5-d 1tn6-d 1o1s-d 1e9i-1 1n9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (2) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha

B: Protein farnesyltransferase subunit beta

ヘテロ分子

93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.275, 172.275, 69.607
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha ...CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha / Type I protein geranyl-geranyltransferase subunit alpha / GGTase-I-alpha 分子量: 44098.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / プラスミド: pGATEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) 参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I
#2: タンパク質	Protein farnesyltransferase subunit beta / Farnesyltransferase / FTase-beta / CAAX farnesyltransferase subunit beta / Ras proteins prenyltransferase subunit beta 分子量: 47749.340 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal 10 residues deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb / プラスミド: pET27b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) / 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase

#1: タンパク質

Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha ...

分子量: 44098.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / プラスミド: pGATEV / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3)
参照: UniProt: Q04631,

protein farnesyltransferase,

protein geranylgeranyltransferase type I

#2: タンパク質

Protein farnesyltransferase subunit beta /

Farnesyltransferase / FTase-beta / CAAX farnesyltransferase subunit beta / Ras proteins prenyltransferase subunit beta

分子量: 47749.340 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal 10 residues deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb / プラスミド: pET27b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) / 参照: UniProt: Q02293,

protein farnesyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 411分子

#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-7TR / 4-({(3R)-7-cyano-4-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1-[(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-1,4-benzodiazepin-3-yl}methyl)phenyl diethylcarbamate / N,N-ジエチルカルバミド酸4-[[(3R)-7-シアノ-1-(1-メチル-1H-イミダゾ-ル-5-イルメチル)-4-(以下略) 分子量: 642.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₈N₆O₅S
#6: 化合物	ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸 / ファルネシル二リン酸分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₈O₇P₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.11 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.91 Å / Num. all: 60055 / Num. obs: 60023 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.6 Å² / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / R_sym value: 0.387 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EU5

3eu5

解像度: 2.2→29.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 10.825 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21229	2988	5 %	RANDOM
R_work	0.17871	-	-	-
obs	0.18039	57015	99.96 %	-
all	-	60055	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.553 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.23 Å²	0.62 Å²	0 Å²
2-	-	1.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5834	0	83	405	6322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	4095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.961	8279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.126	3	9921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.895	5	722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.171	23.961	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.061	15	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.288	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	4247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.11	0.2	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.269	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.278	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.317	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.729	1.5	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.352	2	5800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.996	3	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.087	4.5	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	211	-
R_work	0.233	4206	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.162	-0.2873	0.2322	0.6296	-0.1895	0.7451	-0.0326	0.047	0.0417	0.0025	-0.0119	0.0174	0.1066	0.1674	0.0445	0.013	0.074	0.0389	-0.061	0.0305	-0.0225	-59.9711	-27.4041	-2.1568
2	0.4126	-0.0834	0.0513	0.1191	-0.1668	1.4993	-0.0628	-0.0318	0.0252	0.047	-0.0113	0.0349	0.2762	-0.1089	0.074	0.0582	-0.0146	0.0549	-0.1219	-0.0023	-0.0256	-74.8565	-28.7204	10.2072
3	2.064	0.1133	-0.7302	0.5127	-0.9463	1.8797	-0.2485	0.2047	0.118	-0.0631	0.0551	0.0547	-0.1508	0.0496	0.1934	0.0004	0.001	0.0021	-0.0008	0.001	0.0004	-71.1697	-19.571	4.7734
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0.0064	0.0221	0.021	-0.0063	0.005	-0.0057	-67.3879	-21.8321	10.4397
5	30.5775	12.3791	10.5621	9.6588	4.5102	3.6602	0.0416	0.0925	-0.031	0.1692	-0.2002	0.5074	-0.0829	0.2571	0.1586	0.0009	0.0003	0.0007	0.0001	-0.0003	0	-66.9347	-26.0146	3.0781
6	5.1185	15.6031	13	47.6148	39.7849	33.4981	-0.4774	-0.4848	-0.6156	0.2233	0.0492	-1.4154	-1.6248	0.8889	0.4282	-0.0015	0.0003	0.0014	-0.0005	-0.0002	0	-68.4001	-18.9035	4.6655
7	0.1649	-0.0862	0.0509	0.2164	-0.0605	0.6945	-0.0367	-0.008	0.0134	0.029	-0.0048	0.0171	0.1089	0.0527	0.0414	0.017	0.029	0.0408	-0.0925	0.0125	-0.0066	-66.901	-23.98	3.057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	55 - 369
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	21 - 423
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	502
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	501
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	503
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	401
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	504 - 505
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	501 - 699
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	601 - 806

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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