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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gj5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of renin in complex with NVP-AMQ838 (compound 5) | ||||||
要素 | Reninレニン | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / renin inhibitor / pharmacophore search / trans-3 / 4-disubstituted pyrrolidine / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 レニン / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / 急性アルコール中毒 / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins ...レニン / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / 急性アルコール中毒 / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / amyloid-beta metabolic process / cell maturation / response to cAMP / insulin-like growth factor receptor binding / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / 血圧 / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ostermann, N. / Zink, F. / Kroemer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: The Discovery of Novel Potent trans-3,4-Disubstituted Pyrrolidine Inhibitors of the Human Aspartic Protease Renin from in Silico Three-Dimensional (3D) Pharmacophore Searches. 著者: Lorthiois, E. / Breitenstein, W. / Cumin, F. / Ehrhardt, C. / Francotte, E. / Jacoby, E. / Ostermann, N. / Sellner, H. / Kosaka, T. / Webb, R.L. / Rigel, D.F. / Hassiepen, U. / Richert, P. / ...著者: Lorthiois, E. / Breitenstein, W. / Cumin, F. / Ehrhardt, C. / Francotte, E. / Jacoby, E. / Ostermann, N. / Sellner, H. / Kosaka, T. / Webb, R.L. / Rigel, D.F. / Hassiepen, U. / Richert, P. / Wagner, T. / Maibaum, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gj5.cif.gz | 154.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gj5.ent.gz | 119.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gj5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/4gj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/4gj5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37267.008 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 67-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P00797, レニン #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: reservoir: 18-21% PEG4000, 0.4-0.6 M sodium chloride, 50 mM sodium citrate, pH 4-5, protein solution: 10-15 mg/mL protein, 25 mM sodium chloride, 12.5 mM Tris, pH 8, drop: 1 uL protein ...詳細: reservoir: 18-21% PEG4000, 0.4-0.6 M sodium chloride, 50 mM sodium citrate, pH 4-5, protein solution: 10-15 mg/mL protein, 25 mM sodium chloride, 12.5 mM Tris, pH 8, drop: 1 uL protein solution + 1 uL reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月13日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→28.6 Å / Num. obs: 36892 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 43.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2V0Z 解像度: 2.4→27.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9452 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9189 / SU R Cruickshank DPI: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.288 / SU Rfree Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.197 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.01 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 18
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