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- PDB-4g37: Structure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g37
タイトルStructure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic conformation
要素Luciferin 4-monooxygenase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / ANL Superfamily / adenylating enzymes / luciferase (ルシフェラーゼ) / domain alternation / trapped conformation / chemical cross-linker
機能・相同性
機能・相同性情報


Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / 生物発光 / ペルオキシソーム / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme ...ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE / 4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate] / Luciferin 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Photinus pyralis (ホタル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Sundlov, J.A. / Branchini, B.R. / Gulick, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of firefly luciferase in a second catalytic conformation supports a domain alternation mechanism.
著者: Sundlov, J.A. / Fontaine, D.M. / Southworth, T.L. / Branchini, B.R. / Gulick, A.M.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Luciferin 4-monooxygenase
B: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,21411
ポリマ－122,0322
非ポリマー2,1819
水3,423190
1
A: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0895
ポリマ－61,0161
非ポリマー1,0734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1256
ポリマ－61,0161
非ポリマー1,1085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.638, 184.091, 170.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Luciferin 4-monooxygenase / Luciferase


分子量: 61016.133 Da / 分子数: 2
変異: C82S, I108C, T214A, A215L, C216A, I232A, C258S, F295L, E354K, C391S, Y447C
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Photinus pyralis (ホタル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P08659, firefly luciferase

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非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物 ChemComp-SLU / 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE / 5′-O-[N-(デヒドロルシフェリル)スルファモイル]アデノシン


分子量: 606.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N8O8S3
#3: 化合物 ChemComp-XLX / 4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate] / 1,2-bis(maleimido)ethane, hydrolyzed open form


分子量: 274.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N2O6
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30 % PEG 4000, 50 mM NaCl, 50 mM HEPPS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月13日 / 詳細: SSRL BL 9-2
放射モノクロメーター: SSRL BL 9-2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.396→30 Å / Num. all: 47067 / Num. obs: 44431 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_837)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LCI

1lci


解像度: 2.396→29.219 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 2274 5.12 %
Rwork0.1993 --
obs0.2023 44395 94.13 %
all-47163 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.659 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0527 Å2-0 Å20 Å2
2---7.7222 Å2-0 Å2
3---14.7749 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.396→29.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8084 0 121 190 8395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15511428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8352965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3959-2.4480.33091180.2522022X-RAY DIFFRACTION73
2.448-2.50490.3511190.25522360X-RAY DIFFRACTION85
2.5049-2.56750.36481300.2532524X-RAY DIFFRACTION92
2.5675-2.63690.34841520.23682582X-RAY DIFFRACTION94
2.6369-2.71440.31451640.22242621X-RAY DIFFRACTION95
2.7144-2.80190.28421450.21192647X-RAY DIFFRACTION96
2.8019-2.9020.30121430.19982697X-RAY DIFFRACTION97
2.902-3.01810.2671470.21472732X-RAY DIFFRACTION98
3.0181-3.15530.30731430.21422724X-RAY DIFFRACTION98
3.1553-3.32140.33731430.23432740X-RAY DIFFRACTION99
3.3214-3.52920.27011460.21652725X-RAY DIFFRACTION98
3.5292-3.80120.23321460.19532742X-RAY DIFFRACTION97
3.8012-4.18270.22531390.17152692X-RAY DIFFRACTION96
4.1827-4.78560.19561430.15822685X-RAY DIFFRACTION95
4.7856-6.02070.23161470.19032757X-RAY DIFFRACTION97
6.0207-29.22130.2071490.18152871X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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