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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g0f | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex of a human telomeric repeat G-quadruplex and N-methyl mesoporphyrin IX (P6) | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / Quadruplex / N-methyl mesoporphyrin IX | 機能・相同性 | : / N-METHYLMESOPORPHYRIN / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | データ登録者 | Nicoludis, J.M. / Miller, S.T. / Jeffrey, P. / Lawton, T.J. / Rosenzweig, A.C. / Yatsunyk, L.A. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012 | タイトル: Optimized End-Stacking Provides Specificity of N-Methyl Mesoporphyrin IX for Human Telomeric G-Quadruplex DNA. 著者: Nicoludis, J.M. / Miller, S.T. / Jeffrey, P.D. / Barrett, S.P. / Rablen, P.R. / Lawton, T.J. / Yatsunyk, L.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4g0f.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4g0f.ent.gz | 16.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4g0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/4g0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/4g0f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6983.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MMP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50mM lithium cacodylate, 0.625M ammonium acetate, 200mM KCl, 15% PEG400, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月23日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→42.36 Å / Num. all: 5300 / Num. obs: 5300 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured all: 6131 / Num. unique all: 782 / % possible all: 98.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→42.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.779 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.23 Å2 / Biso mean: 53.1948 Å2 / Biso min: 31.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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