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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f1k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the MG2+ free VWA domain of plasmodium falciparum trap protein | ||||||
要素 | Thrombospondin related anonymous protein | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / DINUCLEOTIDE BINDING (ヌクレオチド) / MEMBRANE (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Pihlajamaa, T. / Knuuti, J. / Kajander, T. / Sharma, A. / Permi, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013 タイトル: Structure of Plasmodium falciparum TRAP (thrombospondin-related anonymous protein) A domain highlights distinct features in apicomplexan von Willebrand factor A homologues. 著者: Pihlajamaa, T. / Kajander, T. / Knuuti, J. / Horkka, K. / Sharma, A. / Permi, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f1k.cif.gz | 94.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4f1k.ent.gz | 76.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f1k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/4f1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/4f1k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22766.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: THROMBOSPONDIN RELATED ANONYMOUS PROTEIN (TRAP), TRAP プラスミド: pRAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01502 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES, 0.2M lithium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月24日 詳細: THE OPTICAL ELEMENTS CONSIST OF A VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY) FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A ...詳細: THE OPTICAL ELEMENTS CONSIST OF A VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY) FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A TOROIDAL MIRROR (M2) TO VERTICALLY AND HORIZONTALLY FOCUS THE BEAM AT THE SAMPLE POSITION (WITH 2:1 HORIZONTAL DEMAGNIFICATION) |
放射 | モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 66642 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.28 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.99 Å / 冗長度: 4.18 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 10559 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.87→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.138 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.872→1.921 Å / Total num. of bins used: 20
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