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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4en1 | ||||||
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タイトル | The 1.62A structure of a FRET-optimized Cerulean Fluorescent Protein | ||||||
要素 | Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質 | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / GFP-like beta-barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å | ||||||
データ登録者 | Watkins, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: The 1.6 A resolution structure of a FRET-optimized Cerulean fluorescent protein. 著者: Watkins, J.L. / Kim, H. / Markwardt, M.L. / Chen, L. / Fromme, R. / Rizzo, M.A. / Wachter, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4en1.cif.gz | 118.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4en1.ent.gz | 90.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4en1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/4en1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/4en1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2wsoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29589.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 |
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-非ポリマー , 5種, 365分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | RESIDUES SER 65, TYR 66 OF THE GREEN FLUORESCENT PROTEIN SEQUENCE (UNP ENTRY P42212) WERE MUTATED ...RESIDUES SER 65, TYR 66 OF THE GREEN FLUORESCEN |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 4.7 詳細: mother liquor consisting of 0.08 M sodium acetate trihydrate, 0.16 M ammonium sulfate, 9% (w/v) PEG4000, and 19% (v/v) glycerol. Hanging drops contained 2 uL protein solution and 1 uL mother ...詳細: mother liquor consisting of 0.08 M sodium acetate trihydrate, 0.16 M ammonium sulfate, 9% (w/v) PEG4000, and 19% (v/v) glycerol. Hanging drops contained 2 uL protein solution and 1 uL mother liquor, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月30日 |
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 79895 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WSO 解像度: 1.62→29.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.461 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→29.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.66 Å / Total num. of bins used: 20
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