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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ej0
タイトルCrystal structure of ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase from Burkholderia thailandensis
要素ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
キーワードISOMERASE / ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase / Modified Rossmann Fold / epimeration / NADP Binding / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase / ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase activity / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / NADP binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.609 Å
データ登録者Kim, M.S. / Shin, D.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure and in silico substrate-binding mode of ADP-L-glycero-D-manno-heptose 6-epimerase from Burkholderia thailandensis.
著者: Kim, M.S. / Lim, A. / Yang, S.W. / Park, J. / Lee, D. / Shin, D.H.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
B: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
C: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
D: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
E: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
F: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
G: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
H: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
I: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
J: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,96320
ポリマ－382,52910
非ポリマー7,43410
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
F: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
G: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
H: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
I: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
J: ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,2531
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.317, 160.923, 169.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose-6-epimerase / ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase / ADP-hep 6- ...ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose-6-epimerase / ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase / ADP-hep 6-epimerase / AGME


分子量: 38252.926 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: hldD, BTH_I1644 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2SY18, ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 35% PEG 200, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月17日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.609→20.02 Å / Num. obs: 131360 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 5
反射 シェル最高解像度: 2.61 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.609→19.971 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 6599 5.03 %Random
Rwork0.185 ---
all0.1878 131360 --
obs0.1878 131269 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.109 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0277 Å20 Å20 Å2
2--0.2309 Å2-0 Å2
3----0.2586 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.609→19.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26104 0 480 456 27040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00827194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13536808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1579914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0723850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044844
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6094-2.6390.32212310.2508387694
2.639-2.670.30972340.24814048100
2.67-2.70250.33872170.24744123100
2.7025-2.73660.34772200.24944162100
2.7366-2.77250.32592150.24044125100
2.7725-2.81040.32642090.23724107100
2.8104-2.85040.30122260.22674127100
2.8504-2.89280.31752290.21454123100
2.8928-2.93790.3062590.21534116100
2.9379-2.98590.28542080.20714097100
2.9859-3.03720.27032250.19484161100
3.0372-3.09230.3012040.20534157100
3.0923-3.15150.29172460.20964096100
3.1515-3.21560.29992130.21044146100
3.2156-3.28520.26312300.20314123100
3.2852-3.36130.26432030.19694183100
3.3613-3.44490.23152120.19334135100
3.4449-3.53760.23382220.19674149100
3.5376-3.64110.23562100.18834158100
3.6411-3.75790.24221930.17344186100
3.7579-3.89120.24791930.17934205100
3.8912-4.04580.23562410.1784143100
4.0458-4.22830.21471950.15934208100
4.2283-4.44890.20282070.15434179100
4.4489-4.72410.19082230.15634208100
4.7241-5.08330.20412110.1554199100
5.0833-5.58470.20312300.16254209100
5.5847-6.36980.22482150.1924252100
6.3698-7.94040.21332400.17684268100
7.9404-19.97120.19382380.16594401100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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