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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ehx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus at 1.9 angstrom resolution | ||||||
要素 | Tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / membrane protein (膜タンパク質) / kinase (キナーゼ) / lipid A (リピドA) / P-loop (Walkerモチーフ) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane (生体膜) / lipid metabolism (脂質代謝) / tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Emptage, R.P. / Daughtry, K.D. / Pemble IV, C.W. / Raetz, C.R.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of LpxK, the 4'-kinase of lipid A biosynthesis and atypical P-loop kinase functioning at the membrane interface. 著者: Emptage, R.P. / Daughtry, K.D. / Pemble, C.W. / Raetz, C.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ehx.cif.gz | 87.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ehx.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ehx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36597.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1656, lpxK / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EPE / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained ~1 mg/ml protein, 54% MPD, 90 mM Hepes pH 7.5, 2 mM Hepes pH 8.0, 75 mM NaCl, 2% glycerol, ~0.03% DDM, 2 mM ...詳細: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained ~1 mg/ml protein, 54% MPD, 90 mM Hepes pH 7.5, 2 mM Hepes pH 8.0, 75 mM NaCl, 2% glycerol, ~0.03% DDM, 2 mM MgCl2, 0.4 mM AMP-PNP, 0.4 mM methyl-2-acetamido-2-deoxy-B-D-glucopyranoside. hanging drop, vapor diffusion, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 36583 / Num. obs: 36493 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 9.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4EHW 解像度: 1.9→23.021 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 18.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.707 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 204.24 Å2 / Biso mean: 44.4362 Å2 / Biso min: 13.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.021 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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