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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dk1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of MacA-MexA chimeric protein, containing the Pseudomonas aeruginosa MexA alpha-hairpin domain. | ||||||
要素 | Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / alpha-hairpin / lipoyl / beta-barrel domains / PERIPLASMIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 macrolide transmembrane transporter complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / extrinsic component of membrane / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.499 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, Y. / Ha, N.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012 タイトル: Assembly and channel opening of outer membrane protein in tripartite drug efflux pumps of Gram-negative bacteria. 著者: Yongbin Xu / Arne Moeller / So-Young Jun / Minho Le / Bo-Young Yoon / Jin-Sik Kim / Kangseok Lee / Nam-Chul Ha / 要旨: Gram-negative bacteria are capable of expelling diverse xenobiotic substances from within the cell by use of three-component efflux pumps in which the energy-activated inner membrane transporter is ...Gram-negative bacteria are capable of expelling diverse xenobiotic substances from within the cell by use of three-component efflux pumps in which the energy-activated inner membrane transporter is connected to the outer membrane channel protein via the membrane fusion protein. In this work, we describe the crystal structure of the membrane fusion protein MexA from the Pseudomonas aeruginosa MexAB-OprM pump in the hexameric ring arrangement. Electron microscopy study on the chimeric complex of MexA and the outer membrane protein OprM reveals that MexA makes a tip-to-tip interaction with OprM, which suggests a docking model for MexA and OprM. This docking model agrees well with genetic results and depicts detailed interactions. Opening of the OprM channel is accompanied by the simultaneous exposure of a protein structure resembling a six-bladed cogwheel, which intermeshes with the complementary cogwheel structure in the MexA hexamer. Taken together, we suggest an assembly and channel opening model for the MexAB-OprM pump. This study provides a better understanding of multidrug resistance in Gram-negative bacteria. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dk1.cif.gz | 413.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dk1.ent.gz | 346.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dk1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4dk1_validation.pdf.gz | 469.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4dk1_full_validation.pdf.gz | 593.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4dk1_validation.xml.gz | 53 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4dk1_validation.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dk1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36843.281 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 30-88, 95-158, 181-394 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The chimeric protein of MacA (RESIDUES 30-88), mexA (RESIDUES 95-158), and MacA (RESIDUES 181-394) 由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: mexA, PA0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2EHL9, UniProt: P52477 配列の詳細 | THESE RESIDUES DERIVE FROM A VARIANT OF THE STRAIN OF THE BACTERIA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.85 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 0.16M CaCl2, 0.1M Hepes (pH 7.5) 23.5% PEG 400, EVAPORATION, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.499→20 Å / Num. all: 36819 / Num. obs: 33690 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.56 Å / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.499→19.951 Å / SU ML: 1.47 / σ(F): 1.68 / 位相誤差: 34.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0.129 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.499→19.951 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -21.0638 Å / Origin y: 78.0611 Å / Origin z: 137.541 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |