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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d34 | ||||||
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タイトル | Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 2-(2-(1H-imidazol-1-yl)pyrimidin-4-yl)-N-(3- fluorophenethyl)ethan-1-amine | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) / INHIBITOR COMPLEX (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / カベオラ / 凝固・線溶系 / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to lipopolysaccharide / 細胞骨格 / calmodulin binding / heme binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Chreifi, G. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Novel 2,4-Disubstituted Pyrimidines as Potent, Selective, and Cell-Permeable Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase. 著者: Mukherjee, P. / Li, H. / Sevrioukova, I. / Chreifi, G. / Martasek, P. / Roman, L.J. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4d34.cif.gz | 336.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4d34.ent.gz | 285.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4d34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/4d34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/4d34 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4d2yC 4d2zC 4d30C 4d31C 4d32C 4d33C 4d35C 4d36C 4d37C 4d38C 4d39C 4d3aC 4d3bC 4uchC 4v3uC 4v3vC 4v3wC 4v3xC 4v3yC 4v3zC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, UNP RESIDUES 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 7種, 184分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ZN / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | RESIDUE 100 IS FOUND AS AN ARG IN STRUCTURE BUT IS A CYS IN DATABASE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: RMERGE 2.327 RPIM 1.058 CC ONE HALF 0.438 |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 20-22% PEG3350, 0.1 M CACODYLATE, 150-200 MM MG ACETATE, 5 MM TCEP, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 47016 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 16.325 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES 110 TO 120 IN BOTH CHAIN A AND CHAIN B ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.811 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40 Å
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拘束条件 |
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