PDB-4c8h: Crystal structure of the C-terminal region of yeast Ctf4, selenom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c8h

タイトル

Crystal structure of the C-terminal region of yeast Ctf4, selenomethionine protein.

要素

CTF4

キーワード

DNA REPLICATION (DNA複製) / ADAPTOR PROTEIN /

BETA PROPELLER DOMAIN (Βプロペラドメイン)

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment of sister chromatid cohesion / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / double-strand break repair via break-induced replication / replication fork protection complex / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear chromosome / nuclear replication fork / DNA replication initiation / DNA-templated DNA replication /

nucleosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.691 Å

データ登録者

Simon, A.C. / Pellegrini, L.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: A Ctf4 Trimer Couples the Cmg Helicase to DNA Polymerase Alpha in the Eukaryotic Replisome
著者: Simon, A.C. / Zhou, J.C. / Perera, R.L. / Vandeursen, F. / Evrin, C. / Ivanova, M.E. / Kilkenny, M.L. / Renault, L. / Kjaer, S. / Matak-Vinkovic, D. / Labib, K. / Costa, A. / Pellegrini, L.

履歴

登録	2013年10月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月21日	Group: Database references
改定 1.3	2014年6月18日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c8h.cif.gz	260.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c8h.ent.gz	220.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/4c8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/4c8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c8sC 4c93C 4c95C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	21968 3v8g-1 1ky5-d 5ogs-1 5axb-1 22024 6x15-d 9743 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CTF4

B: CTF4

C: CTF4

165 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.294, 118.428, 155.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	CTF4 分子量: 55010.215 Da / 分子数: 3 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q01454
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.9 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.2, 7-9% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→49.19 Å / Num. obs: 55547 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 26.7 % / B_iso Wilson estimate: 62.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.69→2.77 Å / 冗長度: 23.9 % / R_merge(I) obs: 3.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.691→49.188 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.35 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2248	5382	5.1 %
R_work	0.1895	-	-
obs	0.1913	55373	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.691→49.188 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10253	0	0	163	10416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10513
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.645	14238
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.421	3896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	1545
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1826

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.691-2.7216	0.4116	151	0.3388	2729	X-RAY DIFFRACTION	82
2.7216-2.7536	0.3927	153	0.3324	3450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7536-2.7872	0.335	182	0.2984	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7872-2.8225	0.334	179	0.2975	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8225-2.8596	0.3168	156	0.2797	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8596-2.8988	0.2881	168	0.2785	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8988-2.9402	0.3036	162	0.2676	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9402-2.9841	0.3566	196	0.2728	3364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9841-3.0307	0.2886	164	0.2648	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0307-3.0804	0.3091	183	0.2561	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0804-3.1335	0.3274	168	0.2361	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1335-3.1905	0.2818	203	0.2511	3379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1905-3.2518	0.2694	181	0.2277	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2518-3.3182	0.2773	161	0.2146	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3182-3.3903	0.2261	191	0.2044	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3903-3.4692	0.2536	231	0.1967	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4692-3.5559	0.2422	165	0.2042	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5559-3.652	0.2917	205	0.2	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.652-3.7594	0.2263	191	0.1866	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7594-3.8807	0.2573	169	0.1945	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8807-4.0194	0.2174	195	0.1731	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0194-4.1802	0.1872	167	0.1468	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1802-4.3704	0.1352	170	0.1425	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3704-4.6006	0.1778	168	0.1474	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6006-4.8886	0.1735	157	0.1391	3403	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8886-5.2657	0.1802	170	0.1489	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2657-5.7948	0.2006	183	0.1732	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7948-6.6316	0.2214	233	0.1824	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6316-8.3485	0.1956	187	0.1708	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3485-49.196	0.1717	193	0.178	3355	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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