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万見
- PDB-4bb9: Crystal structure of glucokinase regulatory protein complexed to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bb9
タイトルCrystal structure of glucokinase regulatory protein complexed to fructose-1-phosphate
要素GLUCOKINASE REGULATORY PROTEINグルコキナーゼ調節タンパク質
キーワードPROTEIN-BINDING PROTEIN / GLUCOSE METABOLISM (炭水化物代謝)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glucokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose sensor activity / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / carbohydrate derivative metabolic process / response to fructose / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / enzyme inhibitor activity ...negative regulation of glucokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose sensor activity / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / carbohydrate derivative metabolic process / response to fructose / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / enzyme inhibitor activity / triglyceride homeostasis / response to glucose / protein import into nucleus / glucose homeostasis / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / enzyme binding / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1080 / C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1080 / C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-beta-D-fructopyranose / グルコキナーゼ調節タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Pautsch, A. / Stadler, N. / Loehle, A. / Lenter, M. / Rist, W. / Berg, A. / Glocker, L. / Nar, H. / Reinert, D. / Heckel, A. ...Pautsch, A. / Stadler, N. / Loehle, A. / Lenter, M. / Rist, W. / Berg, A. / Glocker, L. / Nar, H. / Reinert, D. / Heckel, A. / Schnapp, G. / Kauschke, S.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Glucokinase Regulatory Protein.
著者: Pautsch, A. / Stadler, N. / Loehle, A. / Rist, W. / Berg, A. / Glocker, L. / Nar, H. / Reinert, D. / Lenter, M. / Heckel, A. / Schnapp, G. / Kauschke, S.G.
履歴
登録2012年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOKINASE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0753
ポリマ－69,7751
非ポリマー3002
水12,611700
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.970, 72.300, 136.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLUCOKINASE REGULATORY PROTEIN / グルコキナーゼ調節タンパク質 / GKRP / GLUCOKINASE REGULATOR


分子量: 69775.000 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PDEST8 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14397
#2: 糖 ChemComp-F1P / 1-O-phosphono-beta-D-fructopyranose / BETA-D-FRUCTOPYRANOSE-1-PHOSPHATE / ((2R,3S,4R,5R)-TETRAHYDRO-2,3,4,5-TETRAHYDROXY-2H-PYRAN-2-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 1-O-phosphono-beta-D-fructose / 1-O-phosphono-D-fructose / 1-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトピラノ-ス1-ホスファ-ト


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Frup1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SURFACE MUTATION K326T, K327T C-TERMINAL LEHHHHHH TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12-16 MG/ML IN 25 MM HEPES PH 7.4, 50 MM KCL, 1 MM MGCL2, 2 MM DTT AND 5 MM FRUCTOSE-1-PHOSPHATE 14 % PEG 8000, 20% GLYCEROL, 0.16 M CALCIUM ACETATE AND 0.08 M CACODYLATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.96
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→72 Å / Num. obs: 102068 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.47→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.47→21.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9644 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9581 / SU R Cruickshank DPI: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.065 / SU Rfree Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.06
詳細: NUMBER OF LIBRARIES USED: 7. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=F1P CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE= 5340. NUMBER WITH ...詳細: NUMBER OF LIBRARIES USED: 7. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=F1P CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE= 5340. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=16. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1774 5102 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.1609 102029 98.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9777 Å20 Å20 Å2
2--0.6609 Å20 Å2
3----1.6386 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.145 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→21.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4606 0 17 700 5323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084747HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.956441HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1670SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes688HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4747HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.05
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion644SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6434SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 370 5 %
Rwork0.2108 7032 -
all0.2115 7402 -
obs--98.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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