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- PDB-4b9h: Cladosporium fulvum LysM effector Ecp6 in complex with a beta-1,4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b9h
タイトルCladosporium fulvum LysM effector Ecp6 in complex with a beta-1,4- linked N-acetyl-D-glucosamine tetramer: I3C heavy atom derivative
要素EXTRACELLULAR PROTEIN 6Glossary of biology
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase D; Chain A / LysM domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PASSALORA FULVA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Saleem-Batcha, R. / Sanchez-Vallet, A. / Hansen, G. / Thomma, B.P.H.J. / Mesters, J.R.
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Fungal Effector Ecp6 Outcompetes Host Immune Receptor for Chitin Binding Through Intrachain Lysm Dimerization
著者: Sanchez-Vallet, A. / Saleem-Batcha, R. / Kombrink, A. / Hansen, G. / Valkenburg, D.J. / Thomma, B.P.H.J. / Mesters, J.R.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Conserved Fungal Lysm Effector Ecp6 Prevents Chitin-Triggered Immunity in Plants.
著者: De Jonge, R. / Van Esse, H.P. / Kombrink, A. / Shinya, T. / Desaki, Y. / Bours, R. / Van Der Krol, S. / Shibuya, N. / Joosten, M.H.A.J. / Thomma, B.P.H.J.
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXTRACELLULAR PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9275
ポリマ－23,8921
非ポリマー2,0354
水95553
1
A: EXTRACELLULAR PROTEIN 6
ヘテロ分子

A: EXTRACELLULAR PROTEIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,85510
ポリマ－47,7842
非ポリマー4,0708
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area7790 Å2
ΔGint55.6 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.889, 57.889, 119.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 EXTRACELLULAR PROTEIN 6 / Glossary of biology / FUNGAL EFFECTOR ECP6


分子量: 23892.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CLADOSPORIUM FULVUM LYSM EFFECTOR ECP6 IN COMPLEX WITH A BETA-1,4-LINKED N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE TETRAMER (CHITIN)
由来: (組換発現) PASSALORA FULVA (菌類) / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: B3VBK9

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 54分子

#5: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細GLMU EXISTS AS A BIFUNCTIONAL ENZYME IN MANY BACTERIA INCLUDING MTU, CATALYSING TWO CONSECUTIVE ...GLMU EXISTS AS A BIFUNCTIONAL ENZYME IN MANY BACTERIA INCLUDING MTU, CATALYSING TWO CONSECUTIVE REACTIONS-FIRST, ACETYLTRANSFERASE REACTION CONVERTING ALPHA-D-GLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE (GLCN1P)(NAG) TO N-ACETYL-ALPHA-D-GLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE (GLCNAC1P)(NDG).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.7
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→31.2 Å / Num. obs: 13761 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 44.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.63 Å / 冗長度: 18.5 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Mean I/σ(I) obs: 16.5 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→50.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 10.319 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26572 689 5 %RANDOM
Rwork0.21042 ---
obs0.21316 13072 97.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å2-0.45 Å20 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1387 0 115 53 1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021531
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9412.0612108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0213.0072349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3225188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.40628.450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60215234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 44 -
Rwork0.233 709 -
obs--77.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.5962-1.74584.39986.2959-2.37621.8236-0.0113-0.41960.20760.3382-0.1036-0.1416-0.1129-0.06940.11490.09450.0226-0.01680.1306-0.02970.1243-12.592821.730662.7378
23.3889-1.3959-0.62571.74690.5751.1232-0.02510.37210.2869-0.1221-0.04240.2827-0.0736-0.23190.06750.114-0.0197-0.0520.17660.05780.1628-7.836920.271455.0824
3124.5397-108.227546.936294.5724-40.623917.7423-1.1443-1.39090.59250.48320.9346-0.5743-0.5898-0.5970.20970.52780.22730.07070.33180.080.33477.043132.698950.311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1199 - 1202
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 1963
3X-RAY DIFFRACTION3A1203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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