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- PDB-4b4k: Crystal structure of Bacillus anthracis PurE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b4k
タイトルCrystal structure of Bacillus anthracis PurE
要素N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
キーワードISOMERASE (異性化酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチドムターゼ / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Oliete, R. / Pous, J. / Rodriguez-Puente, S. / Abad-Zapatero, C. / Guasch, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Elastic and Inelastic Diffraction Changes Upon Variation of the Relative Humidity Environment of Pure Crystals
著者: Oliete, R. / Pous, J. / Rodriguez-Puente, S. / Abad-Zapatero, C. / Guasch, A.
履歴
登録2012年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references / Other / Refinement description
改定 1.22013年2月20日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
B: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
C: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
D: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
E: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
F: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
G: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
H: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
I: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
J: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
K: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
L: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,78412
ポリマ－230,78412
非ポリマー00
水8,701483
1
A: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
B: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
C: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
D: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE

A: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
B: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
C: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
D: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,8568
ポリマ－153,8568
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area29980 Å2
ΔGint-181.3 kcal/mol
Surface area38690 Å2
手法PISA
2
E: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
F: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
G: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
H: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
I: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
J: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
K: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE
L: N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,8568
ポリマ－153,8568
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29990 Å2
ΔGint-181.2 kcal/mol
Surface area38710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.563, 151.904, 134.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE MUTASE / PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE / N5-CAIR MUTASE


分子量: 19232.014 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q81ZH8, UniProt: A0A6L7HA71*PLUS, 5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチドムターゼ, ホスホリボシルアミノイミダゾールカルボキシラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.08 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1M CACODYLATE PH 6.5, 0.3-0.4M SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月24日 / 詳細: MULTILAYER
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.07 Å / Num. obs: 56146 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 38.19
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 8.88 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XMP

1xmp


解像度: 2.5→47.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 18.26 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21712 2878 5.1 %RANDOM
Rwork0.18013 ---
obs0.18209 53163 93.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å20 Å20.27 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13945 0 0 483 14428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01914161
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.98219187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.884332392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.11851870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.67524.682519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.901152442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5281572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02115934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 356 -
Rwork0.229 3918 -
obs--88.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7909-0.1775-1.17682.15420.41312.18660.01330.0137-0.15330.1906-0.08290.2303-0.035-0.29970.06960.032-0.00290.0130.1598-0.01960.038918.7409-28.51497.9356
22.20440.22130.10482.06260.3251.47050.03350.4513-0.0304-0.2694-0.04930.23-0.1204-0.38870.01580.06680.0636-0.03690.3016-0.02570.029819.1948-19.764-8.3252
33.728-0.6606-0.91031.8390.49942.0035-0.11220.4774-0.7746-0.2209-0.1539-0.02070.3501-0.08160.26610.1542-0.0170.03450.13-0.11940.263640.1633-48.5858-8.3752
43.22980.50130.11771.81470.4051.5860.1692-0.31640.42230.2214-0.07610.0425-0.393-0.0573-0.09320.2490.00670.05960.0938-0.0360.063739.40910.77928.1603
52.95230.0439-0.66511.81050.36291.7298-0.08320.1572-0.2797-0.07520.0285-0.03750.31360.12680.05470.13980.06-0.01230.0595-0.03750.041232.8524-37.470135.8455
61.94740.6645-0.1772.7347-0.62061.6950.0308-0.2958-0.26150.271-0.0389-0.11010.24620.25050.00810.14890.0828-0.02210.13180.02090.040340.2387-33.119652.2542
72.19-0.6761-0.69342.06140.21661.6529-0.0656-0.2472-0.22050.3113-0.00760.47030.2264-0.34450.07320.1336-0.05470.06440.20640.00030.18184.6539-30.221651.1481
81.7951-0.2645-0.17772.7712-0.66591.65510.08470.23870.1856-0.2582-0.0851-0.2828-0.21780.37280.00030.1227-0.04030.0360.19760.00360.047548.2248-5.204837.1617
92.00130.1062-0.09132.48070.57971.75450.0748-0.2550.2640.2128-0.11790.194-0.3262-0.19370.04310.20470.11950.02020.1701-0.04310.12698.41694.920752.1602
102.58750.11350.5281.60280.03791.9180.00230.29770.3415-0.2594-0.08560.1341-0.4361-0.27510.08330.31250.1278-0.01540.10880.02410.128115.99499.766736.1805
111.9956-0.29250.15313.29830.58181.98520.06090.2107-0.1956-0.3085-0.16530.51630.0855-0.41520.10440.0717-0.0002-0.05390.2542-0.0460.15491.6282-22.836134.6096
122.1963-0.50080.93141.8839-0.0562.1592-0.0563-0.13330.21110.23140.0768-0.1596-0.33890.289-0.02050.1596-0.0596-0.01010.1131-0.04130.060643.08622.39853.1913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5I2 - 157
6X-RAY DIFFRACTION6J2 - 156
7X-RAY DIFFRACTION7K2 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8L2 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9E2 - 161
10X-RAY DIFFRACTION10F2 - 157
11X-RAY DIFFRACTION11G2 - 161
12X-RAY DIFFRACTION12H2 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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