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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ayj | |||||||||
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タイトル | Molecular structure of a metal-independent bacterial glycosyltransferase that catalyzes the synthesis of histo-blood group A antigen | |||||||||
要素 | BOGT - METAL-INDEPENDENT GLYCOSYLTRANSFERASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / CATALYSIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / nucleotide binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BACTEROIDES OVATUS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Thiyagarajan, N. / Pham, T.T.K. / Stinson, B. / Sundriyal, A. / Tumbale, P. / Lizotte-Waniewskib, M. / Brewb, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2012 タイトル: Structure of a Metal-Independent Bacterial Glycosyltransferase that Catalyzes the Synthesis of Histo-Blood Group a Antigen 著者: Thiyagarajan, N. / Pham, T.T.K. / Stinson, B. / Sundriyal, A. / Tumbale, P. / Lizotte-Waniewski, M. / Brew, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ayj.cif.gz | 203 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ayj.ent.gz | 163.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ayj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ayj_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ayj_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ayj_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ayj_validation.cif.gz | 37.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/4ayj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/4ayj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29038.057 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-246 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTEROIDES OVATUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A7LVT2, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase #2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / 2'-fucosyllactose |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: BOGT6A (4 MG/ML) AND SACCHARIDE (10 MM) WERE INCUBATED OVERNIGHT AT 16 DEG C AND CRYSTALS WERE GROWN IN A WELL SOLUTION CONTAINING 20 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH 8.5 AND 0.2 M NA/K TARTRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→70.7 Å / Num. obs: 18669 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 47.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AYL 解像度: 3→70.693 Å / SU ML: 0.92 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.329 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→70.693 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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